Kiedy nieznani złoczyńcy zaczynają rozkradać eksperymentalne technologie miasta Gotham, Batman otrzymuje pilne wezwanie. Ale oprócz niego nad sprawą pracuje podziemna grupa kryzysowa: Wojownicze Żołwie Ninja! Trzej bracia pod wodzą Leonarda – inteligentny Donatello, nieustraszony Raphael i dowcipny Michelangelo – to mistrzowie sztuk walki gotowi stawić czoła Mrocznemu Rycerzowi.