W przyszłości powierzchnia Ziemi, została zanieczyszczona do tego stopnia, że nieliczni ocaleli zostali zmuszeni, do zamieszkania w mieście ponad chmurami. Nie jest to bynajmniej utopia, gdyż rządzące nim maszyny i korporacje zmuszają większość ludzi do nędznej egzystencji. Wszytko zmienia się, gdy doktor Kisaragi tworzy androida mogącego uzdrowić planetę. Nim to jednak nastąpi Cutie Honey będzie musiała zmierzyć się z bezwzględnymi maszynami.