Ekipa Atlantis ma nadzieję, że uda jej się raz na zawsze wyeliminować Replikatory. Poprzez Widmo znane pod imieniem Todd chcą doprowadzić do współpracy z flotą statków-rojów, które miałyby walczyć u boku statków Dedal i Apollo. Jednak niewiele statków postanawia się przyłączyć. Jak potoczą się losy ekspedycji?