Serial opowiada o Junim i jego siostrze Carmen, którzy szkolą się w Akademii Szpiegów - ściśle tajnej szkole dla małych agentów. Kiedy na horyzoncie pojawia się konkurencyjna organizacja szpiegowska S.W.A.M.P., która zagraża bezpieczeństwu świata, Juni i Carmen muszą wziąć sprawy w swoje ręce i przeszkolić kolegów i koleżanki, by wspólnie stawić czoła S.W.A.M.P. i jej diabolicznemu przywódcy o pseudonimie Złoty Mózg. Drużyna Kluczowej misji nie jest być może w pełni gotowa, ale tylko ona może stanąć na wysokości zadania, gdy nie można liczyć na dorosłych agentów!