W głębinach oceanu kapłanka Seatopian budziła potwora za pomocą specjalnego wisiorka. W międzyczasie jej ludowi udało się przejąć zmasakrowane szczątki Gigana Rexa, a następnie wyssać pozostałe rezerwy energii, aby wzmocnić swoje bóstwo opiekuńcze. Do akcji wkracza Godzilla, aby zmierzyć się z nowym wcieleniem Megalona.