Wybuchowa historia zemsty Ninja Kamui opowiada historię byłego członka klanu ninja, którego prześladują brutalne morderstwa jego rodziny. Tymczasem agent FBI i jego początkujący partner również pracują nad zbadaniem morderstw i odkryciem rozległego globalnego spisku.
Joe Logan wiedzie spokojne życie wraz z żoną i synkiem na odludnej farmie, ukrywając swoją prawdziwą tożsamość. Pewnej nocy ich dom zostaje zaatakowany przez grupę tajemniczych ninja, a cała trójka zabita. Kilka godzin później Joe wraca do życia, a jedyne czego pragnie to zemsta.
Pomimo tortur Higan nie wydobywa nic z ninja, który zabił jego rodzinę, co komplikuje jego zemstę. Gdy poszukiwania nie dają efektów, Joe zwraca się o pomoc do detektywa Mika Morissa. Ich spotkanie zakłóca pojawienie się zabójców.
Mike i Emma odkrywają, że ninja współdziałają z międzynarodową korporacją AUZA o czym informują Higana. W tym samym czasie Yamaji zleca, jednemu z swoich podwładnych by zajął się Higanem.
Higan otrzymuje telefon od tajemniczego mężczyzny, który oferuje mu pomoc przy wdarciu się do siedziby AUZY. W tym samym czasie Mike i Emma próbują odszukać człowieka znającego tajemnice korporacji.
Mike podążając za informacjami zdobytymi rzez Emmę, odnajduje Jasona, który włamuje się do systemu AUZY. W tym samym czasie, wiedziony przez tajemniczego pomocnika Joe, przebija się przez kolejnych strażników AUZY, by dotrzeć do ich przywódców, choć wie, że jest to pułapka.
Aska ratuje życie Higana ale jej podwójna gra zostaje ujawniona. Nie mając innego wyjścia, tworzy dla niego pancerz, z którym będzie miał szanse pokonać swoich wrogów. W tym samym czasie Mike i znajduja schronienie przed najemnikami i agentami FBI.
Higan bardzo szybko adaptuje się do eksperymentalnego pancerza i pokazuje swoją wartość w walce przeciw jednemu z przywódców ninja. Zaraz po walce Aska opowiada mu jak poznała Mari i jak doszło do rozłamu w organizacji.
Emma i Higan uciekają z miasta AUZA i udają się do nowopowstałej elektrowni, by wykraść baterie do pancerza. Ich posunięcie zostaje przejrzane przez jednego z ninja, który broni elektrowni. W tym samym czasie Jason i Mike docierają do samochodu Emmy.
Emma i Jason próbują włamać się do sieci AUZY ale nie wiedzą, że zostali wytropieni. Gdy Higan walczy z Wielkim D, grupa najemników atakuje pozostałych.
Po śmierci Emmy Higan otrzymuje wyzwanie Zaia i udaje się na miejsce pojedynku. W tym samym czasie Mike i Jason próbują odszyfrować dane AUZY i upublicznić je. W retrospekcji poznajemy historię Zaia.
Wyposażeni w pancerze Higan i Zai kontynuują swoją walkę. Joseph wysyła najemników do siedziby ninja, by zabili Yamajiego. W tym samym czasie Mike odkrywa klucz do odszyfrowania danych Emmy.