W finale sezonu MacGyver staje do walki z nowym, przebiegłym przeciwnikiem. Szczegółowo dopracowane plany wroga stawiają Maca przed niemożliwym wyborem: może ocalić życie przyjaciela lub życie setek niewinnych osób. Ponadto Mac poznaje nowe informacje, które wbijają klin pomiędzy niego a ojca.
Były mąż Matty, Ethan (Brendan Hines), prosi ją o pomoc, kiedy S-Kompania, organizacja przestępcza, porywa jego żonę i córkę. Matty musi zdecydować, czy dokona zdrady stanu, żeby pomóc mu ratować rodzinę. Riley wyrusza wraz z Billym Coltonem (Lance Gross) oraz Mamą Colton (Sheryl Lee Ralph) na misję do Paryża i dokonuje wstrząsającego odkrycia.