Dwie rasy kosmicznych robotów - Autoboty i Deceptikony - wciąż toczą między sobą niekończącą się wojnę. Autoboty chcą za wszelką cenę uniemożliwić złym Deceptikonom zdobyć władzę. Podczas ostatecznego pojedynku ich liderów - Autobota Optimusa Prime'a i Deceptikona Megatrona, Prime ginie, a jego wróg zostaje ciężko ranny. Tymczasem w stronę planety Cybertron rusza potężny transformer zwany Unicron, który żywi się innymi planetami. Pokonać go może tylko Autobot posiadający Matrycę - przedmiot, którego szuka sługa Unicrona, Galvatron.