Doktor Shiragami łaczy komórki Godzilli z roślinnymi, tworząc hybrydę, którą nazywa Biollante. Tymczasem Godzilla po raz kolejny wyrusza w swoją niszczycielską podróż, a na jej drodze staje wojsko i najnowocześniejsze wynalazki. Wkrótce Godzilla dociera do miejsca, gdzie rozwija się Biollante, by stoczyć z nią walkę.