Po zniszczeniu ekosystemu ludzkość została zmuszona do życia w podziemnych metropoliach. Pracujący jako tytułowy „pasterz” Boris Dakota otrzymuje zlecenie, zlikwidowania tajemniczej Lilith. Podczas misji dręczące go wspomnienia zabitej żony i synka, sprawiają, że Dakota zamiast zabić swój cel, robi wszystko, by ocalić kobietę i jej dziecko.