W tajnym biurze NCIS w Los Angeles pracują agenci o wyjątkowych talentach. Są wśród nich: Callen (którego talent do pracy jako tajniak jest legendarny), Sam Hanna (były członek elitarnej jednostki SEAL, ekspert w sprawach dotyczących Bliskiego Wschodu, płynnie mówiący po arabsku), Nate (psycholog) oraz Kensi (agentka śledcza). Razem pracują nad sprawami, w które w jakiś sposób są zaangażowani - lub zamieszani - członkowie Marynarki USA.
Po morderstwie pewnego dziennikarza ekipa NCIS zostaje wplątana w konflikt w Libii. Hetty (Linda Hunt) przekazuje Callenowi (Chris O'Donnell) pewne informacje dotyczące jego przeszłości, co może wpłynąć na ich relacje.