Rok po ostatnim ataku Godzili, potwór powraca by raz jeszcze zaatakować Japonię. Pechowo Mechagodzilla wciąż jest w fazie testów i naprawy, więc obronę stanowią jedynie konwencjonalne oddziały i sprzęt. Godzilla mimo drobnych niedogodności niszczy wszystko na swojej drodze i szybko wychodzi na ląd. Tam do walki z nią staje Mohra, a wkrótce i pozbawiona swojej głównej broni Mechagodzilla.