Starszy agent Jack Malone to twardy, lecz jednocześnie pełen współczucia szef nowojorskiego oddziału ds. osób zaginionych. On i jego zespół doskonale zdają sobie sprawę z tego, że gdy ktoś nagle znika, liczy się każda sekunda. Gdy Martin oraz Danny eskortują pewnego oskarżonego, nagle znajdują się się pod ostrzałem przestępców. Ich celem jest aresztowany, który znajduje się pod opieką Martina i Danny’ego. W wyniku strzelaniny eskortowany przez nich oskarżony, zostaje zabity, a Martin zostaje ciężko ranny. Jack, Samantha oraz Danny będą musieli zrobić wszystko by krytyczny stan ich kolegi nie przyćmił ich celu, jakim jest odnalezienie przestępców, którzy zaatakowali Martina i Danny’ego.

Zespół prowadzi śledztwo w sprawie pewnego 15-latka, który nagle zniknął. Jack podejrzewa, że chłopak mógł uciec by wprowadzić w życie swój plan podłożenia bomby w swojej szkole. W trakcie śledztwa, zespół dowiaduje się, iż 15-latek ma problemy z rówieśnikami oraz, że nie jest w szkole akceptowany. Ponadto wychodzi na jaw, iż od kiedy ojciec chłopaka został zamordowany w trakcie napadu rabunkowego, cierpi on na obsesję na punkcie bezpieczeństwa.

Najnowszy członek zespołu - Elena Delgado, która pracowała wcześniej w Policji, prowadzi śledztwo w sprawie zaginionej 20-latki - Diny Kingston. W trakcie śledztwa Elena zostaje wprowadzona w zawoalowane niuanse pracy w oddziale ds. osób zaginionych. Zespół wkrótce dowiaduje się, iż Dina jest prostytutką, a jej dom został niedawno splądrowany. Ponadto agenci znajdują zwęglony dziennik Diny, w którym były dany wszystkich jej klientów. Późniejsze śledztwo pokazuje, że Dina niedawno próbowało popełnić samobójstwo.

Gdy po 7 latach odnajduje się plecak oraz dokumenty zaginionego przed 7 laty Skye’a Petersena Jack oraz prokuratura podejrzewa, że została ona zamordowana przez swojego wykładowcę, z którym krótko przed swoja śmiercią zakończyła romans. Zespół Jacka decyduje się ponownie zająć się tą sprawą i ponownie przeprowadzić śledztwo, które doprowadzi ich do prawdy.

Zespół poszukuje 25-letniej Amerykanki pochodzenia Koreańskiego - Wendy Kim, która zaginęła po nocnej kłótni ze swoim chłopakiem. W trakcie śledztwa wychodzi na jaw, iż Wendy czuła się przytłoczona oczekiwaniami swojej rodziny, które opierały się na koreańskiej kulturze i tradycji. Rodzina była bardzo rozczarowana i niepocieszona, gdy Wendy zerwała zaręczyny z jednym z kandydatów, który należał do społeczności.

Jack (Anthony LaPaglia) i Danny (Enrique Murciano) jadą do Meksyku w poszukiwaniu bogatego Amerykanina, który został porwany na strzelnicy. Świadkiem całego zajścia była jego młoda żona - Lydia Costin.

Jack wraz z zespołem poszukuje mężczyzny Billa Shieldsa. Córka Billa Shieldsa niedawno zmarła z białaczkę i od tego czasu życia Billa legło w gruzach - jego małżeństwo i kariera całkowicie się rozpadły. Śledztwo prowadzi zespół do tajemniczej dziewczynki, której nagie zdjęcia agenci znaleźli w domu Billa.

Zespół poszukuje przyjaciela Jacka - Maxa Cassidy, który od lat jest agentem FBI. Max zaginął po tym jak odsłuchał wiadomość, w której jego żona przekazuje mu, że partner Maxa - Jimmy Haggerty został zamordowany. Zespół Jacka prześledzi czy sprawa, którą prowadził Max i Jimmy jest związana z tą zbrodnią.

Samantha bada sprawę kobiety, która cierpi na zanik pamięci. Samantha nie tylko najprawdopodobniej jest osobą zaginiona, ale również morderczynią. W międzyczasie ojciec Jacka - Frank, cierpiący na chorobą Alzhaimera, odmawia dalszego leczenia, w obliczu wciąż pogarszającego się stanu jego zdrowia.