Cała historia zaczyna się w chwili, kiedy cierpiący na amnezję mężczyzna (Damon) zostaje uratowany przez załogę włoskiej łodzi rybackiej. Bliski śmierci, nie ma przy sobie nic oprócz kilku kul w boku oraz wszczepionego w biodro numeru konta w szwajcarskim banku. Chociaż nie posiada tożsamości i żadnych wspomnień, potrafi świetnie walczyć oraz dysponuje olbrzymim talentem językowym. Może świadczyć to o jego niebezpiecznej przeszłości. Mężczyzna jest zupełnie zdezorientowany i za wszelką cenę pragnie dowiedzieć się, kim jest i dlaczego jego życie przyjęło taki niebezpieczny obrót. W Zurychu, w bankowym sejfie znajduje się kilka paszportów, spory zapas gotówki, broń oraz nazwisko... Jason Bourne… z paryskim adresem. Chociaż nie wie zupełnie, co to może oznaczać, Bourne zdaje sobie szybko sprawę z tego, że są ludzie, którzy mogą go rozpoznać i co więcej wcale mu dobrze nie życzą. Kiedy spotyka Marie Kreutz (Franka Potente), urodzoną w Niemczech podróżniczkę, podejmuje desperacką decyzję - 10,000 dolarów za wyjazd do Paryża. Mimo oporów, Marie przyjmuje gotówkę i rozpoczyna z Bourne’m podróż, która na zawsze zmieni jej życie. Ślady przeszłości Jasona Bourne’a sięgają siedziby CIA w Langley, Virginia, gdzie została przygotowana tajna, kontrowersyjna operacja Treadstone. Ponieważ Bourne i Marie usiłują ukryć się we Francji, wszystkie siły Treadstone mają za zadanie wytropić ich i jak najszybciej zneutralizować Bourne’a.