Jedenasto odcinkowy serial przedstawiający najnowsze przygody, supertajnego oddziału zwanego G.I. Joe. Po latach od pokonania Cobry, jej lider raz jeszcze próbuje zawładnąć światem, wykorzystując do tego eksperymentalną technologię. W tym samym czasie Storm Shadow wyzywa Snake Eyesa na ostateczny pojedynek, w ich dawnej szkole.