Podczas kolejnej potyczki ze Shredderem, zostaje włączony portal międzywymiarowy i wszyscy przenoszą się do innej rzeczywistości. Żółwie spotkawszy swoich odpowiedników próbują powstrzymać Shreddera, ale ten sprowadza na Ziemię swoją najgorszą osobowość. Nowy Shredder szybko przejmuje kontrolę i rozpoczyna plan unicestwienia wszystkich światów. Ne jego drodze stają jednak dwie ekipy żółwi.