Miesiąc po narodzinach dziecka Sydney bierze urlop macierzyński. Kelly Peyton sprowadza Annę Espinosę, dawną przeciwniczkę Sydney, której zadaniem jest porwanie Willa Tippina, objętego programem ochrony świadków. To ma zmusić Sydney do wzięcia udziału w akcji odbicia porwanego, a tym samym konfrontacji z Anną. Tak też się dzieje i Sydney musi walczyć z Espinosą, która rani ją i ucieka z próbką jej krwi. Tymczasem okazuje się, że organizacja Prophet Five wszczepiła w głowę Willa miniaturową bombę, która wybuchnie, jeśli Sydney nie dostarczy Strony 47, dzieła Rambaldiego, do Portugalii. Prophet Five uruchamia Projekt Helix, genetyczny eksperyment mający na celu sklonowanie Sydney.