Kreskówka opowiada o przygodach grupy mutantów – osobach posiadających nadludzkie zdolności. Profesor Charles Xavier otwiera szkołę dla dzieci „specjalnie uzdolnionych” i stara się ściągnąć do niej jak najwięcej młodych mutantów, by uczyć ich, jak mają sobie radzić ze swymi mocami. Pomagają mu w tym ci, którzy niezwykłe umiejętności posiadają już od dłuższego czasu – Sztorm, Wolverine i Bestia. Pod ich czujnym okiem swe zdolności rozwijają między innymi Cyklop, Jean, Kurt oraz Ruda. Muszą sobie oni radzić nie tylko z ukrywaniem swej mocy, ale także z wrogimi im mutantami, którzy pod przewodnictwem Magneta próbują zdominować świat…
Podczas przebudzenia Apocalypsea zachodzi dziwne zjawisko. Nie wiadomo skąd, pojawia się pokryta drzewami majańska piramida chroniona przez nieprzeniknioną tarczą siłową. X-Meni otrzymują od rządu pozwolenie na jej zbadanie.
Wanda przypadkowo powoduje wypadek w metrze. Członkowie Bractwa udzielają pomocy zagrożonym ludziom. Wkrótce media uznają ich za bohaterów, a Bractwo zaczyna pozorować wypadki żeby jeszcze bardziej poprawić swoją reputację.
Wolverine zostaje porwany przez Omegę Reda. Udaje mu się jednak uciec i ukryć w pobliskim lesie. Spotyka tam X-23, która chce się zemścić na Madame Hydrze. Logan postanawia jej pomóc. Tymczasem Scott i Jean starają się nauczyć Nowych Mutantów jak lepiej używać mocy.
Charles otrzymuje wiadomość, że jego syn David został porwany. Wraz ze Storm, Cyclopsem i Jean wyrusza na poszukiwania. Wkrótce okazuje się, że chłopak cierpi na zaburzenia osobowości i kontrolę nad nim przejęła jego dominująca osobowość o imieniu Lucas.
Do miasta powraca Spyke, który został obrońcą Morlocków. Nienawidzący mutantów Duncan Matthews, razem z przyjaciółmi, chce dopaść Spykea. Podczas pościgu za Evanem, natykają się na innego mutanta, Doriana Leecha. Tymczasem Nick Fury zleca Bolivarowi Traskowi zbudowanie nowych Sentineli.
Gambit porywa Rogue. Kiedy X-Meni zauważają jej zniknięcie wyruszą na poszukiwania. Gambit twierdzi, że stara się jedynie pomóc Rogue zapomnieć o tym, co zrobiła Mystique. W rzeczywistości, chce on wykorzystać jej moc do odnalezienia swojego ojca, który został porwany.
Shadowcat spotyka Danielle Moonstar, z którą szybko się zaprzyjaźnia. Kiedy jednak budzi się następnego ranka, zdaje sobie sprawę, że był to tylko sen. Okazuje się, że sen Kitty był wezwaniem pomocy przesłanym jej przez uwięzioną w jaskini, prawdziwą Danielle.
Apocalypse planuje przemienić wszystkich ludzi z uśpionym genem X w mutantów. Żeby urzeczywistnić swój plan, przemienia Magneta, Profesora X, Storm i Mystique w swoich czterech jeźdźców, a następnie pokrywa cały świat siecią energetycznych piramid.
Chcąc powstrzymać Apocalypsea przed przemienieniem wszystkich ludzi w mutantów X-Meni, Nowi Mutanci, Bractwo, S.H.I.E.L.D., Acolytes oraz Angel, Spyke i Havok łączą siły i razem ruszają do walki. Tymczasem Profesor X ma wizję dotyczącą przyszłości.