Serial opowiada o grupie osób, które odkrywają, że posiadają niezwykłe zdolności (latanie, teleportacja, szybkie leczenie ran, przewidywanie przyszłości itp.). Wkrótce będą musieli zdecydować, do jakich celów użyć swoich nowych talentów.
Poznajemy Petera Petrelli, młodego człowieka, który marzy o lataniu. W tym samym czasie, artysta Isaac Mendez maluje wizję przyszłości. Licealistka Claire Bennet jest nagle w stanie natychmiast wyleczyć rany. Japoński biznesmen Hiro Nakamura, próbuje przekonać przyjaciela, że może naginać czasoprzestrzeń, zaś Niki Sanders samotna matka, zaczyna widzieć dziwne rzeczy w lustrach.
Hiro Nakamura odkrywa, że jego życie toczy się jak komiks autorstwa Isaaca Mendeza, więc postanawia spotkać się z artystą. Dzięki swemu heroizmowi Claire zyskuje niechciane zainteresowanie w szkole. Peter zbliża się do poznania prawdy o umiejętnościach swoich i brata - Nathana. Matt Parkman, oficer policji z Los Angeles, odkrywa, że potrafi czytać w myślach.
Bohaterowie wciąż testują swoje nowo odkryte umiejętności. Nathan wykorzystuje wypadek Petera w trakcie swojej kampanii wyborczej. Hiro próbuje znaleźć sposób, aby przekonać Ando, że ich przeznaczeniem jest ratowanie świata. Niki postępuje zgodnie z instrukcjami z tajemniczej mapy odnalezionej w apartamencie, w efekcie czego trafia na pustynię.
Hiro postanawia wykorzystać swoje umiejętności w kasynie, jedzie więc z Ando do Las Vegas. Dar Claire zostaje poddany ciężkiej próbie, podczas tragicznego wypadku przy ognisku. Tymczasem Matt budzi się podłączony do aparatury kontrolującej aktywność mózgu. Dwóch mężczyzn poddaje badaniom jego moc, sprawiając wrażenie jakby sporo wiedzieli o ludziach z nadprzyrodzonymi talentami.
Claire decyduje się wyznać ojcu, że posiada nadprzyrodzoną moc. Hiro i Ando popadają w kłopoty podczas pobytu w Las Vegas, zostają oszukani przez hazardzistów. Matt wykorzystuje moc czytania myśli, aby poprawić swoje stosunki małżeńskie. Do drzwi Niki puka policja poszukująca zbiegłego z więzienia męża, D.L. Hawkinsa. Peter otrzymuje tajemniczą wiadomość, która zmienia jego życie.
Hiro wraz z Ando wyruszają w podróż do Nowego Jorku. Ojciec Claire umawia córkę na spotkanie z biologicznymi rodzicami. Claire ma nadzieję, że dowie się od nich skąd pochodzą jej zdolności. Mohinder wraca do Indii, aby pochować ojca. Isaac otrzymuje dziwny telefon od Hiro, który przenosi się w czasie. Peter odbiera i przekazuje wiadomość, która ma uratować życie Isaacowi.
Matt odkłada na bok swoje małżeńskie problemy, ponieważ postanawia pomóc Audrey w dochodzeniu w sprawie dziwnego morderstwa. Hiro zaczyna kwestionować swoje bohaterstwo, po tym jak nie jest w stanie działać w obliczu niebezpiecznej sytuacji. Nathan wraz z żoną opracowują strategię, która ma doprowadzić Nathana do zwycięstwa w wyborach do Kongresu. Niespodziewaną pomocą służy im Peter.
Mohinder podczas żałoby po ojcu, w Indiach, zaczyna mieć dziwne sny dotyczące przeszłości. Niczego nieświadoma Claire trenuje przed dużym meczem, podczas gdy jej ojciec odnajduje i pomaga kolejnemu herosowi. Hiro i Ando podczas podróży do Nowego Jorku, poznają interesującą dziewczynę, obdarzoną darem wyjątkowo dobrej pamięci. Niki zaczyna coraz lepiej rozumieć samą siebie.
Ojciec Claire stara się za wszelką cenę ochronić córkę przed zabójcami. Monhinder podczas jednego ze swych snów w Indiach, poznaje tajemnicę ojca. Do Nathana trafia obraz przedstawiający przyszłość. Bohater jest przerażony tym, co przedstawia malunek Isaaca. Hiro cofa się w czasie, aby zapobiec tragedii. Ando czeka na jego powrót.
Akcja serialu cofa się o pół roku. Do Nowego Jorku przybywa ojciec Mohindera, by rozpocząć poszukiwania ludzi, którzy zostali obdarzeni nadzwyczajnymi mocami. Dociera do młodego mężczyzny, którego uznaje za wyjątkowego. Peter jest absolwentem szkoły pielęgniarskiej, jego brat Nathan rozpoczyna pracę nad sprawą Lindermana. Claire wstępuje do zespołu cheerleaderek i odkrywa swą nadprzyrodzoną moc.
Tragedia w Teksasie ma katastrofalne skutki dla wielu bohaterów. Peter zostaje niesłusznie aresztowany w Odessie, przez co Nathan przegrywa kampanię. Claire podczas szczerej rozmowy z ojcem dowiaduje się, że ten doskonale zna jej tajemnicę. Mohinder decyduje się na powrót do Nowego Jorku i kontynuację prac ojca. Matt i Audrey dokonują przełomu w sprawie Sylara, nie wiedzą jednak, że morderca został już złapany.
Dwa tygodnie po ostatnich wydarzeniach, Nathan stara się pomóc wyjść bratu ze śpiączki. Claire próbuje zrozumieć sens życia, jednocześnie obawia się pytań, które zadawać jej będą szkolni koledzy. Hiro i Ando zainspirowani obrazem Isaaca, rozpoczynają poszukiwania miecza samurajów. Suresh ujawnia listę ojca, dotyczącą ludzi obdarzonych wyjątkowymi umiejętnościami oraz grożących im niebezpieczeństw.
W trakcie poszukiwania samurajskiego miecza, Hiro jest ścigany przez tajemnicze postacie. Peterowi pomaga niewidzialny człowiek o imieniu Claude. Isaac wyrusza do Nowego Jorku. D.L stara się sprostać nowym obowiązkom rodzinnym. Claire w dalszym ciągu poszukuje biologicznych rodziców, o pomoc prosi Haitańczyka. Ojciec Claire skupia swoją uwagę na Sylarze.
Hiro wyjaśnia swojemu ojcu - biznesmenowi i chorobliwie ambitnej, młodszej siostrze, że heroiczne przeznaczenie jest mu pisane. Niki ma szansę powrotu do męża i syna. Claude pracuje z Peterem nad doskonaleniem umiejętności bohatera. Szkolenie może jednak zachwiać wiarę herosa w ludzi, na których zależy mu najbardziej. Sylar po ucieczce z więzienia i pojawia się w domu Bennetów.
Claire odnajduje biologiczną matkę w Teksasie. Okazuje się, że także i ona posiada nadzwyczajne zdolności. Claire poznaje również prawdę o swoim biologicznym ojcu. Matt zgadza się pracować jako ochroniarz dla skorumpowanego adwokata, co ma zbliżyć go do Lindermana. Suresh odszukuje kolejną osobę z listy ojca, nieświadomie narażając się na wielkie niebezpieczeństwo.
Claire odkrywa, że matka jej nie pamięta. Dziewczyna nie może powstrzymać swojego gniewu w stosunku do wychowującego ją ojca. Peter dowiaduje się, że ktoś mu bliski mógł zdradzić jego i Claude’a. Sylar popełnia kolejną zbrodnię. Hiro rozstaje się z Ando dla dobra przyjaciela oraz w trosce o powodzenie realizowanej misji. W życiu Matta pojawiają się nowe postacie.
Matt Parkman i Ted Sprague jadą do Teksasu w poszukiwaniu odpowiedzi na nurtujące ich pytania. Posuwają się do wzięcia zakładników - Benneta i jego rodziny (w tym Claire). Z czasem okazuje się, że Bennet ma dobre intencje, natomiast Ted jest niepoczytalny. Matt dowiaduje się więcej o HRG. Całe zajście prowadzi do gwałtownej i niebezpiecznej konfrontacji bohaterów.
Nadchodzi czas wyborów, Nathan spotyka się z zagadkowym Lindermanem. Tymczasem zbliża się moment zniszczenia Nowego Jorku. Hiro próbuje ukraść miecz, narażając się na ogromne niebezpieczeństwo. Niczego nie świadomy Suresh dokonuje przełomu w badaniach nad listą ojca. W pracy wspiera go Sylar. Isaac maluje jeszcze bardziej przerażający i niepokojący obraz przyszłości. Pojawia się nowy bohater.
Dochodzi do pojedynku pomiędzy Sylarem i Peterem. Bohaterowi ledwo udaje się ujść z pojedynku z życiem. Linderman wyjawia Nathanowi swoje plany i pozyskuje wsparcie kolejnego herosa. Claire jest bardzo szczęśliwa i podekscytowana spotkaniem z biologicznym ojcem. Peter przychodzi do mieszkania Mohindera. Matt wraz z Tedem i Bennetem usiłują uciec Thompsonowi.
Hiro wraz z Ando przenoszą się w przyszłość, mija pięć lat od zniszczenia Nowego Jorku. Ludzie posiadający nadprzyrodzoną moc są w tych czasach traktowani jak terroryści. Za głowy herosów wyznaczane są wysokie nagrody, są tropieni i zabijani. Hiro oraz Ando wraz z bohaterami, którzy przeżyli wybuch - Mattem, Jessicą, Claire i Andym przygotowują się do walki z prezydentem, którym został Nathan.
Jessica wspólnie z D.L. odkrywają niektóre z informacji, które chce od nich uzyskać Linderman. Sylar w obliczu swoich nowych odkryć, uświadamia sobie, że musi spotkać się z matką. Tymczasem Hiro i Ando ruszają śladami Sylara. Angela Petrelli stara się nakłonić Nathana do udziału w planie realizowanym przez Lidermana. Peter próbuje udowodnić Claire, że ich przeznaczeniem jest ratowanie Nowego Jorku.
Angela Petrelli decyduje się odegrać jeszcze większą rolę w życiu Nathana, Petera oraz Claire. Z prawdziwą tożsamością bohaterki, ujawniona zostaje historia śmierci rodziny Nathana i Petera. Tymczasem starszy z braci, dowiaduje się, że ma szansę zostać kongresmenem. Zbliża się termin wyborów, Nathan stoi przed ciężką decyzją. W mieście pojawia się ojciec Hiro. Sylar zabija kolejnego herosa…
D.L. zostaje ranny podczas próby ucieczki z biura Linderman’a. Ando postanawia samodzielnie zabić Sylara mieczem. Jednak herosi jednoczą się i wspólnie, starają się powstrzymać i pokonać Sylara. Ujawnione zostaje, jaka będzie przyszłość, wobec czego herosi zmuszeni są podjąć najtrudniejszą w swym życiu decyzje. Ostateczna walka rozegra się w Kirby Plaza.
Kolejna seria rozpoczyna się cztery miesiące po wydarzeniach, które miały miejsce w Kirby Plaza. Dokładnie sto dwadzieścia dni po ostatecznej rozgrywce pomiędzy Sylarem i Peterem pojawiają się nowi herosi, którymi są Alejandro i Maya. Rodzeństwo, w którym brat stanowi antidotum na moc siostry. Claire oraz reszta jej rodziny mają szanse na nowe życie. Tymczasem jeden z herosów umiera…
Peter trafia na irlandzkich gangsterów, którzy niestety wiedzą o jego przeszłości. Hiro stara się zniwelować szkody i opanować chaos wywołany przez podróże w przeszłość. Moc Kensei zostaje ujawniona. Podczas gdy Matt dokładnie bada okoliczności zabójstwa Nakamury. West dowiaduje się o umiejętnościach, którymi dysponuje Claire. Maya i Alejandro opuszczają Meksyk.
Suresh dociera do nieznanego dotychczas obrazu Isaaca Mendeza. Kolejne malowidło, dysponującego mocą przewidywania przyszłości bohatera, ukazuje proroczą śmierć. Aby opuścić Meksyk, Maya musi uwolnić Alejandra z więzienia. Hiro odkrywa następne fakty dotyczące Kensei. Niki wraz z Micahem wyjeżdżają z Las Vegas, aby znaleźć się jak najdalej od swojej przeszłości. Claire wraz z Westem także wybierają się w podróż…
Rodzeństwo Herrera, poszukiwane za morderstwa, ucieka do USA. Współpracownica Micah, Nany i Damona – Monica Dawson, zaczyna ujawniać swoje nadprzyrodzone zdolności. Herosi mieszkają obecnie w Nowym Orleanie. Matt zwraca się do Molly z prośbą o pomoc w odnalezieniu człowieka z jej snów. Bohater wierzy, że śniący się jej mężczyzna może stanowić nowe zagrożenie dla herosów. Angela ujawnia wiele jej tajemnic.
Pojawia się nieznajoma kobieta – Elle, która stara się znaleźć Petera. Ando udaje się w przeszłość, aby odnaleźć tam Hiro. Matt kontynuuje poszukiwanie mężczyzny ze snów. Tymczasem Noah postanawia zaryzykować wszystko, aby zapewnić ochronę swojej rodzinie.
Tym razem to Peter udaje się na poszukiwania w czasie. West odbywa rozmowę z Claire, stara się przekonać dziewczynę, aby ta walczyła o siebie, swoje racje i poglądy. Noah Bennet stara się odnaleźć kolejne obrazy stworzone przez Isaaca. Wierzy, że odnajdzie tam wskazówki dotyczące przyszłości. Hiro zmaga się ze swoimi uczuciami do Yaeko. Alejandro nie potrafi zaufać Sylarowi…
Peter w przeszłości usiłuje odnaleźć przyczynę ewakuacji Nowego Jorku. Bohater wraz z Caitlin dowiaduje się więcej na temat ostatecznego działania wirusa Shanti. Wielu herosów łączy siły i rozpoczyna wspólną pracę nad poszukiwaniami i zniszczeniem człowieka ze snów (nazywanego Nightmare Man). West jest w głębokim szoku, kiedy odkrywa tożsamość ojca Claire. Podróż Hiro i Kenseia dobiega końca.