Ethan Burke, agent Secret Service, bada sprawę zaginięcia dwóch innych agentów w tajemniczym, małym miasteczku - Wayward Pines. Ethan budzi się nagle z wypadku samochodowego. Okazuje się, że nie może w ogóle skontaktować się ze światem zewnętrznym poza miasteczkiem, którego również nie może opuścić. Dowiaduje się również, że jeden z poszukiwanych agentów nie żyje, a drugi - jego była kochanka - żyje i osiedliła się w tym pozornie idyllicznym miasteczku. Jednak mieszkańcy miasteczka są uwięzieni w tym miejscu przez zestaw zasad, które narzuca złowrogi szeryf Arnold Pope. Próba ucieczki równa się śmierci.