Emiya Shirou to jedyny ocalały z katastrofy miasta Fuyuki. Leżącego w zgliszczach małego chłopca znajduje i przygarnia mag Emiia Kiritsugu. Shirou pod opieką przybranego ojca szybko wraca do zdrowia. Emiia wpaja wychowankowi pewne wzorce zachowań, według których nastoletni dziś chłopiec postępuje nawet po śmierci opiekuna. Jako licealista, nasz bohater stara się pomagać każdemu, kto tylko pomocy oczekuje - nie zważając na to, ze część osób wykorzystuje jego dobroć. Najczęściej jednak pomaga przyjacielowi w naprawie szkolnych sprzętów - od "ojca" nauczył się "odrobiny" magii, która mu w tym pomaga.Przez przypadek Shirou zostaje wciągnięty w "Wojnę Świętego Graala" - wojnę toczącą się pomiędzy magami i ich sługami w celu zdobycia Graala, mogącego spełnić każde życzenie jego posiadacza. Dążąc do swego postanowienia, by być obrońcą ludzkości, Shirou postanawia walczyć ramię w ramię ze swoim sługą Szermierzem - żeńskim odpowiednikiem króla Artura. Walka się rozpoczyna, pozostaje tylko pytanie, kto zwycięży...