Tytułowa wataha stoi na straży wschodniej granicy Polski, zewnętrznej granicy Unii Europejskiej, gdzie przemyca się ludzi, narkotyki, broń; dla pieniędzy, zysku, a czasem dla szansy na lepsze życie. Każdy ze strażników granicznych ślubuje stać na straży suwerenności i nienaruszalności granic państwa, służyć mu w trosce o jego interesy i bezpieczeństwo jego obywateli. Serial Wataha rozpoczyna się od zamachu bombowego, w którym giną oficerowie jednej z jednostek straży granicznej w Bieszczadach. Tylko jednemu z nich uda się przeżyć. Kapitan SG Wiktor Rebrow (Leszek Lichota) w wyniku zamachu traci nie tylko swoich przyjaciół, ale przede wszystkim ukochaną Ewę. Zagubiony, próbuje dociec, co się wydarzyło i kto za tym wszystkim stoi. Oficjalne śledztwo prowadzi prokuratura. Poznaniem prawdy są zainteresowani również jego przełożeni.