Przywódcy dwóch klanów ninja, Iga i Kouga, zostają wezwani do Sunpu przez Szoguna. Widząc ich możliwości władca postanawia zorganizować śmiertelny pojedynek, pomiędzy dwudziestoma wojownikami z obu klanów, mający wyłonić nowego Szoguna.
Nie wiedząc o decyzji Shoguna Ogen Iga i Danjou Kouga przeżywają swoje ostatnie wspólne chwile, myśląc tylko o nadchodzącym ślubie i pojednaniu obu klanów. Niestety jeden ze zwoji zawierający listę ninja wyznaczonych do walki zostaje odnaleziony.
Klan Iga próbuje przechytrzyć swoich przeciwników, atakując Kazamachiego Shôgena, który ma kopię zwoju Kouga. Przez przypadek w walkę wplątuje się Jubei Shimushi. Tymczasem, Gennosuke i Oboro docierają do siedziby klanu Iga.
Gennosuke i Oboro, nie wiedząc o trwającej wojnie, spędzają miłe chwile w siedzibie klanu Iga. Josuke staje się celem kolejnego ataku członków klanu Iga.
Tenzen wraz z czwórką innych Iga udaje się do siedziby Kouga, by zabić kolejnych ninja z listy, jednak zostają zaskoczeni. W tym samym czasie Okoi zostaje wysłana, by zobaczyć, co dzieje się z Gennosuke.
Podczas powrotu do swojej wioski Tenzen i jego grupa trafiają na Okoi, którą chwytają by wykorzystać do zdobycia informacji. W tym samym czasie Gyobu i Kisaragi odkrywają część tajemnicy.
Okoi zostaje poddana przesłuchaniu, ale po ujawnieniu swoich mocy okazuje się, że to ona pozostanie żywa. Tej samej nocy przemieniony Kisaragi przybywa do wioski Iga, gdzie spotyka ukochaną ninja, którego przejął tożsamość.
Kisaragi próbuje dotrzeć do uwięzionej siostry, ale tuż przed jego przybyciem Okoi zostaje zabita. Zbiega się to w czasie z powiadomieniem Oboro o decyzji szoguna. W zamieszaniu jakie powstaje zwój z imionami wyznaczonych ninja trafia w ręce Gennosuke.
Gennosuke zabiera zwój i ujawnia swoje nadludzkie zdolności. Przerażeni jego możliwościami Iga pozwalają mu opuścić swoją wioskę. Tenzen wiedząc, że jedyną szansą na pokonanie Gennosuke jest Oboro, próbuje ją przekonać, by zwróciła się przeciw swemu ukochanemu.
Szogun i jego przyboczni słuchają relacji ninja, wysłanego, by niezauważenie śledził przebieg zmagań obu klanów. Jest to w zasadzie skrót wydarzeń, jakie miały miejsce do tej pory.
Gennosuke odsyła zwój do Iga, wraz z zapiskiem że wspólnie z pozostałymi Koga ninja, udaje się do szoguna wyjaśnić całą sprawę. Korzystając z okazji, niepokorni Iga atakują Gennosuke i jego przybocznych.
Śladem pozostałych przy życiu Koga podążają dwoje Iga, z których jedno zostaje zabite a drugie ranne. Rządny zemsty Saemon ściga Hotarubi przejmując tożsamość kolejnego Iga.
Przepełnieni nienawiścią i żądzą zemsty Saemon i Hotarubi stają do ostatecznego pojedynku. Tymczasem oślepiony Gennosuke podaża z pozostałymi Koga do Sunpu wiedząc, że ich śladem idą Iga.
Tenzen próbuje zgwałcić Oboro, by w ten sposób zmusić ją do podjęcia walki i pokonania Gennosuke. Słysząc jej krzyki Koshiro nie może zdecydować, któremu z przywódców ma być wierny. Nieoczekiwanie w trakcie rejsu okazuje się, że na statku ukrył się Gyobu.
Tenzen zmartwychwstaje i rozpoczyna pojedynek z potrafiącym wtopić się w przedmioty Gyobu, Podczas walki Gyobu, wraca wspomnieniami do lat dzieciństwa i tego jak stracił ojca.
Cofamy się w czasie do wydarzeń sprzed decyzji szoguna, gdy powstaje plan zapewnienia trwałego pokoju między Kouga i Iga. Wszystko dzięki zaaranżowanemu małżeństwu, przyszłych przywódców obu klanów.
Tenzen atakuje Gennosuke i Hyomę, którzy nie chcą z nim walczyć, ale zmuszeni – bez problemu go pokonują. Gennosuke wydaje polecenie, by zabić każdego Iga, jaki stanie im na drodze, nawet jeżeli będzie to Oboro.
Na drodze ocalałych Kouga staje oślepiony Koshiro. Hyoma postanawia z nim walczyć, by dać szansę Gennosuke na ucieczkę. W trakcie pojedynku cofamy się w czasie do momentu poznania Gennosuke i Hyomy.
Tuż po zwycięstwie Koshiro zostaje oszukany i sam ponosi śmierć od trucizny Kagero. Nieoczekiwanie na drodze pojawia się pani Ofuku, która wyjaśnia znaczenie wojny pomiędzy klanami. W tym samym czasie odkrywamy prawdziwą naturę Tenzena.
Dzięki przybraniu postaci Tenzena Saemon, nakłania Akeginu by wspólnie zabili Kagero. W tym samym czasie prawdziwy Tenzen przybywa do Oboro, pilnowanej przez ludzi Ofuku.
Saemon próbuje dotrzeć do Oboro nie wiedząc, że Tenzen wrócił do życia i zastawił na niego pułapkę. Jego kolejnym celem zostaje Kagero, której przekleństwo może zabić nawet nieśmiertelnego.
Kagero zabija Tenzena, jednak po raz kolejny wraca on do życia i zaczyna ją torturować. Na ratunek przybywa jej oślepiony Gennosuke, ale czy bez swoich mocy zdoła go powstrzymać.
Dzięki naukom Hyomy Gennosuke stawia czoła Tenzenowi i w końcu ścina mu głowę. Niestety, za sprawą Ofuku żyjący w nim pasożyt ponownie próbuje przywrócić go do życia, w czym przeszkodzić mogą moce Oboro.
Oboro i Gennosuke mają stoczyć ostateczny pojedynek na oczach szoguna, co wyłoni jego następcę. Wszystko przybiera nieoczekiwany obrót, gdyż oboje nie są w stanie zabić się nawzajem.