Młody detektyw James Gordon, oddelegowany do zwalczania przestępczości i przywrócenia Gotham City dawnej świetności, zostaje przydzielony do sprawy morderstwa pewnej znanej pary. Obiecuje wówczas zdruzgotanemu po stracie rodziców nastoletniemu synowi, Bruce’owi Wayne’owi, że odnajdzie mordercę. To nie tylko obowiązek, ale i obsesja, która będzie go drogo kosztować, i wciągnie do mrocznego, ekscytującego świata Gotham.
Alfred dzieli się nowymi informacjami o człowieku, który zabił rodziców Bruce’a. Policja przygotowuje wprowadzenie nowego pacjenta do Szpitala Psychiatrycznego Arkham.
Pingwin kontynuuje swoją terapię z Hugo Strange’em, który wierzy, że może „wyleczyć” pacjenta z agresji. Bruce na nowo poprzysięga, że odnajdzie mordercę rodziców.
Barbara kontaktuje się z Gordonem, próbując naprawić ich wzajemne relacje. Bruce i Alfred rozpoczynają poszukiwania jednego ze starych współpracowników Thomasa Wayne’a.
Profesor Strange jest wciąż na wolności, ale Fish robi wszystko, by go znaleźć. Tymczasem Gordon i dziennikarka, Valeria Vale, próbują dopaść samą Fish.
Gordon zgadza się pomóc Jervisowi Tetchowi, zwanemu Szalonym Kapelusznikiem, znaleźć jego zaginioną siostrę, Alice. Pingwin postanawia kandydować na burmistrza.
Niespodzianka przygotowana przez Szalonego Kapelusznika zapewnia Gordonowi wycieczkę w głąb psychodelicznej króliczej jamy. Pingwin ma problem z nowym związkiem Nygmy.
Barnes nie może dojść do siebie i pogrąża się w szaleństwie. Nygma czuje się zagubiony w swoim związku z Isabellą. Falcone urządza przyjęcie zaręczynowe dla Lee i Mario.
Wirus rozprzestrzenia się w Gotham, a ktoś włamuje się do laboratorium pracującego nad lekarstwem. Mario postanawia zająć się Gordonem jeszcze przed ślubem.