Młody jezuita Rodriguez przybywa potajemnie do Japonii, by rozwiązać zagadkę zniknięcia misjonarza Perreiry. Do Rzymu dotarła bowiem wieść, że po fali prześladowań ze strony szogunatu Perreira wyrzekł się wiary i przyjął sposób życia Japończyków. Rodriguez sam wkrótce wpada w ręce samurajów; jest świadkiem straszliwych tortur, tragedii wielu ludzi. Ale rozwiązanie zagadki jest coraz bliższe...