W odległej galaktyce... saga Gwiezdnych Wojen trwa dalej po raz pierwszy w animowanym filmie prosto ze studia Lucasfilm Animation! Oprócz swoich ulubionych bohaterów zobaczycie też całkiem nowych, a Gwiezdne Wojny zachwycą Was jak nigdy wcześniej. Gdy Wojny Klonów ogarniają całą galaktykę, Anakin Skywalker i jego nowy padawański uczeń, Ahsoka Tano, wyruszają w niebezpieczną misję, aby uratować porwanego syna pana zbrodni Jabby the Hutta. Renegat Hrabia Dooku chce za wszelką cenę im przeszkodzić i z pomocą swojej zabójczyni Asajją Ventressą sprawia, że będzie to misja ze śmiertelnymi konsekwencjami. W międzyczasie na linii frontu Obi-Wan Kenobi i Mistrz Yoda prowadzą ogromną armię klonów w odważnej próbie pokonania armii droidów i oparcia się sile ciemnej strony.
Podczas gdy wojna podzieliła galaktykę Republika i Separatyści szukają zwolenników. Mistrz Yoda udaje się do układu Toydaria, aby zawrzeć pakt z królem Katuunko. Niestety Hrabia Dooku również namawia króla do współpracy. Wraz z klonami mistrz Yoda musi pokonać oddziały droidów, aby udowodnić wartość rycerzy jedi.
Separatyści wynaleźli potężną broń, którą odnajduje Mistrz Plo Koon. Informuje o tym Anakina Skywalkera i Ashokę Tano, jednak generał Grievous i hrabia Dooku już przygotowują się do przeprowadzenia testu nowej broni. Atakują mistrza jedi, jednak grupce klonów i ich dowódcy udaje się uciec. Anakin i jego padawanka wiedząc, że coś jest nie tak, proszą Radę o pomoc.
Dalsza część odcinka o tajnej broni separatystów. Po ucieczce z układu Abregado Anakin Skywalker planuje atak, mający na celu zniszczenie okrętu Separatystów Malevolence oraz zabicie Grievousa. Natomiast sam generał z polecenia hrabiego Dooku ma zamiar zniszczyć stację medyczną republiki.