W kwaterze głównej mutantów dochodzi do napięć pomiędzy członkami zespołu. Nikt nie wie, komu można zaufać. W obawie o bezpieczeństwo swojej rodziny, Reed zaczyna ponownie rozważać sens ich pobytu na terenie kompleksu. Tymczasem dr Campbell proponuje Jace’owi wprowadzenie ulepszonego programu, który może wszystko zmienić.

Dr Campbell bierze udział w konferencji poświęconej walce z mutantami, usiłując tym samym wprowadzić swój program w całym kraju. Niektórzy członkowie zespołu mutantów z kwatery głównej wyruszają z niebezpieczną misją, by go powstrzymać. Polaris dowiaduje się więcej na temat swojej przeszłości, po czym podejmuje ważną decyzję, której konsekwencje mogą wpłynąć na przebieg dalszych wydarzeń. Kwatera główna mutantów zostaje zaatakowana. W obliczu utraty wszystkiego, związki poddane zostają próbie oraz rozpadają się dotychczasowe sojusze.

Dr Campbell bierze udział w konferencji poświęconej walce z mutantami, usiłując tym samym wprowadzić swój program w całym kraju. Niektórzy członkowie zespołu mutantów z kwatery głównej wyruszają z niebezpieczną misją, by go powstrzymać. Polaris dowiaduje się więcej na temat swojej przeszłości, po czym podejmuje ważną decyzję, której konsekwencje mogą wpłynąć na przebieg dalszych wydarzeń. Kwatera główna mutantów zostaje zaatakowana. W obliczu utraty wszystkiego, związki poddane zostają próbie oraz rozpadają się dotychczasowe sojusze.

Reeva Payge robi czystkę w Wewnętrznym Kręgu, pozbywając się tych, którzy się z nią nie zgadzają, co daje jej całkowitą kontrolę nad grupą. Sześć miesięcy później Podziemie Mutantów ratuje pewną dziewczynkę przed nalotem agentów Sentinel Services, nie zważając na jej rodzinę. Wbrew życzeniom reszty ekipy, Eclipse i Caitlin spotykają się z hakerem przestępcą, by uzyskać informację na temat Wewnętrznego Kręgu. Tymczasem Polaris zaczyna rodzić, a jej skurcze powodują, że wszystko, co metalowe ulega namagnesowaniu, siejąc spustoszenie w najbliższym otoczeniu.

Thunderbird kontaktuje się z prawniczką mutantów, która zrekrutowała go przed laty do Podziemia, mając nadzieję, że będzie ona w stanie pomóc mu w odnalezieniu Wewnętrznego Kręgu. Lauren i Andy mają taki sam sen, co zakłóca szkolenie chłopca oraz skłania Reevę do spisania go na straty, a jego z kolei do ponownego zastanowienia się nad sensem rozstania się z siostrą. Tymczasem Reed musi zachować ogromny sekret w tajemnicy przed grupą. Jace ponownie wpada na trop mutantów.

Dziecko Polaris zaczyna cierpieć na zabójczą chorobę. Wewnętrzny Krąg nie jest w stanie jej wyleczyć, co skłania grupę do zwrócenia się o pomoc do mało prawdopodobnego źródła. Tymczasem Reed i Lauren ruszają w drogę, by dostarczyć nielegalne leki, lecz wskutek zamanifestowania się jego mocy ich plany się komplikują. Thunderbird oraz Blink spotykają się z przywódcą Morlocków – podejrzanej grupy mutantów, którzy żyją pod ziemią. Ten oferuje im pomoc w odnalezieniu Wewnętrznego Kręgu, jednakże obie frakcje mogą mieć całkiem odmienne cele.

Struckerowie, oprócz Andy’ego, zaczynają odbudowywać swoje nadszarpnięte zaufanie. Thunderbird, Blink oraz Eclipse odwiedzają Wire’a. Mają nadzieję, że przekonają go ponownie do udzielenia im pomocy. Jednakże po dotarciu na miejsce, dowiadują się od Grapha, brata Wire’a, że wydarzyło się coś strasznego. Ekipa odkrywa, że Wewnętrzny Krąg zamierza najechać na ośrodek, w którym przetrzymywani są mutanci, wykonują więc pewne ruchy, by ich powstrzymać. Tymczasem z Jacem kontaktuje się członek grupy Czyścicieli.

Caitlin i Thunderbird starają się z trudem uratować życie mutanta, który został ranny podczas chaotycznego wyzwolenia pacjentów szpitala psychiatrycznego przez Wewnętrzny Krąg. Ponadto odkrywają wskazówki dotyczące tożsamości potężnego mutanta, którego Polaris i Andy mieli sprowadzić do bazy. Tymczasem Jace dołącza do Czyścicieli, by ścigać zbiegów, i jest coraz bliżej ponownego starcia z Podziemiem Mutantów.

Wewnętrzny Krąg zajmuje się organizacją tajnej zasadzki, ale Polaris nie jest pewna, czy powinna wziąć udział w akcji. Reeva wyznacza Esme zadanie przekonania niechętnej mutantki do przyłączenia się do reszty grupy. Ta zwierza się Polaris z trudnej przeszłości, która dotknęła zarówno ją, jak i jej siostry. Tymczasem Thunderbird uczy Reeda, w jaki sposób panować nad swoimi mocami. Czyściciele atakują Podziemie w trakcie próby ratowania grupy bezdomnych mutantów.

Reeva ujawnia swoje plany związane z poważną misją z ramienia Wewnętrznego Kręgu, której celem jest zapewnienie potrzebnych im środków finansowych. Tymczasem Podziemie Mutantów musi poradzić sobie z niestabilnymi mocami Reeda, mając nadzieję, że pomoc medyczna Caitlin i Lauren zdoła utrzymać go w ryzach. Jace zostaje przedstawiony Benedictowi Ryanowi, ustosunkowanej osobie publicznej, która wspiera wysiłki Czyścicieli. Obaj jednak niekoniecznie mają takie same poglądy. Thunderbird w końcu konfrontuje Blink w kwestii jej kontaktów z Urgiem.

Napięcia w Wewnętrznym Kręgu sięgają zenitu, kiedy Andy broni Rebeki przed Reevą. Po dokonaniu odkrycia na temat badań doktor Risman, Lauren przekonuje Reeda i Caitlin do działania. Lekceważony Jace zaczyna snuć plany z Czyścicielami. Podziemie nadal współpracuje, żeby ratować mutantów, choć między Blink a Thunderbirdem pojawiają się spięcia na tle różnic między nimi.

Podziemie Mutantów rozważa zatrudnienie Kręgu Wewnętrznego do pomocy. Andy rozważa odnowienie kontaktów z rodziną, gdy poznaje moce swojego ojca. Rodzice chętnie go przyjmą, ale Lauren jest uprzedzona