Lain Iwakura wydaje się być zwykłą dziewczynką niemającą zbyt wiele doświadczenia z komputerem. Jednak nagłe samobójstwo jej koleżanki ze szkoły i parę innych dziwnych zdarzeń zdają się ciągnąć Lain do świata informatyki i komputerów. Świata, gdzie powoli dowiaduje się, że nic nie jest tym, czym się wydaje... nawet sama Lain.