Serial opowiada o Junim i jego siostrze Carmen, którzy szkolą się w Akademii Szpiegów - ściśle tajnej szkole dla małych agentów. Kiedy na horyzoncie pojawia się konkurencyjna organizacja szpiegowska S.W.A.M.P., która zagraża bezpieczeństwu świata, Juni i Carmen muszą wziąć sprawy w swoje ręce i przeszkolić kolegów i koleżanki, by wspólnie stawić czoła S.W.A.M.P. i jej diabolicznemu przywódcy o pseudonimie Złoty Mózg. Drużyna Kluczowej misji nie jest być może w pełni gotowa, ale tylko ona może stanąć na wysokości zadania, gdy nie można liczyć na dorosłych agentów!
Po ataku na OSS Gregorio uruchamia Akademię Szpiegów, aby przeszkolić swoje dzieci i innych młodych adeptów do walki ze Złotym Mózgiem i jego sługusami.
Gdy diaboliczne plany organizacji S.W.A.M.P. zostają zablokowane, Złoty Mózg prosi o pomoc muzycznego łotra, DJ-a Otto Umca, który ma wyciągnąć dzieciaki z Akademii.
Po wykryciu działań S.W.A.M.P. dwójka rywali musi zapomnieć o wzajemnych sporach, aby uchronić resztę przed wpadnięciem w pułapkę i uratować Kluczową misję.
Gdy dochodzi do konfrontacji małych agentów i François Nabieraka, okazuje się, że jego były uczeń przeszedł na złą stronę i jest teraz agentem S.W.A.M.P.
Śwież, ulubiony uliczny twórca PSI-a, bierze wynalazcę pod swoje skrzydła i prosi go o pomoc w zaprojektowaniu nowej industrialnej instalacji artystycznej.
Carmen i Juni jako liderzy zespołów muszą zdać trudny egzamin semestralny zwany Zawrotem Głowy. W przeciwnym razie będzie grozić im wyrzucenie z Akademii Szpiegów.
Dzieciaki Kluczowej misji wreszcie czują się jak prawdziwy zespół. I bardzo dobrze, bo przed nimi najtrudniejsze zadanie — trzeba zniszczyć siedzibę Złotego Mózgu.