Clark powraca do Smallville jako Kal-El. Chcąc wypełnić swoje przeznaczenie, udaje się na poszukiwanie potężnego kryształu, który Lex zdobył w Egipcie. Do Smallville przyjeżdża Lois Lane, aby zapoznać się ze szczegółami śmierci swojej siostry Chloe, a Lana wraca z Paryża ze swoim nowym chłopakiem. Jonathan nadal przebywa w śpiączce w wyniku wydarzeń, jakie miały miejsce w finałowym odcinku poprzedniego sezonu, a Lionel musi odnaleźć się w więziennej rzeczywistości.

Niewyjaśnione okoliczności śmierci Chloe stają sie jeszcze bardziej tajemnicze, gdy prowadzący śledztwo Clark i Lois odkrywają, że w całym zdarzeniu maczał palce Lex i ojciec Lois, Sam Lane. Lana powraca do Smallville, gdy dowiaduje się, że symbol, który pojawił się na jej plecach w Paryżu znajduje się również na ścianie jaskini.

Abigail, brzydula z liceum, poddaje się zabiegowi operacji plastycznej, aby zyskać na popularności wśród rówieśników. Jednak jej piękno kryje w sobie mroczny sekret. Każdy jej pocałunek wywołuje u ofiary halucynacje, które mogą doprowadzić do śmierci. Kiedy Lois przyłapuje Abigail z kolejną ofiarą, staje się kolejnym celem śmiertelnego pocałunku.

Clark postanawia dołączyć do drużyny futbolowej na życzenie Jonathana i otrzymuje pozycję rozgrywającego, podczas gdy pomiędzy jego poprzednikiem a Jasonem dochodzi do sprzeczki o dziewczynę. Clark i Lois badają sprawę cheerleaderek, które dodają krypton do napojów, aby zmienić swoich chłopaków w posłusznych i bezmyślnych.

Portfel Jonathana zostaje skradziony przez szybkiego jak błyskawica Barta Allena, który potrafi osiągnąć prędkość większą od Clarka. Bart przybywa na farmę i zaprzyjaźnia się z Clarkiem, lecz zbacza na przestępczą drogę, kiedy jago oczom ukazuje się starożytny manuskrypt, który jest w posiadaniu Leksa. Clark wkrótce zdaje sobie sprawę z tego, że w manuskrypcie znajduje się mapa prowadząca do jednego z kryptonowych kryształów. Niesamowite odkrycie sprawia, że Clark musi wyprzedzić Barta, zanim ten weźmie kryształ w swoje ręce.

Clark, w pogoni za kryształami, których Lionel używa do wchodzenia w skórę innych ludzi, trafia do stanowego zakładu penitencjarnego. Zaangażowanie Clarka prowadzi do tego, że Lionel wchodzi w jego skórę i wykorzystuje nowo zdobyte moce, aby odzyskać utraconą fortunę i pozbawić Clarka przyjaciół. Clark musi przekonać swoich rodziców, że to on jest „prawdziwym" Clarkiem i odwrócić szkody, jakich dokonał w jego życiu Lionel.

Mikail Mxyzptlk, student z wymiany zagranicznej, posiada moc przejmowania kontroli nad innymi i używa jej, aby ustawiać wyniki meczów drużyny futbolowej, w której rozgrywającym jest Clark. Clark z pomocą Chloe odkrywają jego sekret, lecz manipulator grozi Clarkowi, że zabije Chloe, jeśli jego zespół nie podłoży się przeciwnikom w kolejnym meczu. Mikail przybył do Smallville za pośrednictwem LuthorCorp, a Lex zrobi wszystko, aby odkryć jego tajemnicę.

Lana natrafia na siedemnastowieczną księgę z zaklęciami, należącą do jej Isabelle i zostaje opętana przez jej ducha. Isabelle przywraca do życia dwie inne wiedźmy i razem z nimi wyrusza na poszukiwanie kryształów, pozbawiając Clarka jego mocy przy użyciu magii.

Lex zostaje oskarżony o zamordowanie młodej kobiety, w związku z czym Clark zwraca się o pomoc do Lionela. Lanie śni się jej przodek i tajemnicza kobieta, która przyjeżdża, aby odwiedzić swojego syna i jego nową dziewczynę.

Korporacja LuthorCorp wypuszcza do atmosfery eksperymentalne substancje, które wywołują u ludzi halucynacje ujawniające ich najbardziej skrywane obawy. Chloe, Clark, Lana i Jason padają ofiarą toksyny, a Lex, starający się za wszelką cenę znaleźć lekarstwo, sam przyjmuje antidotum, narażając tym samym własne życie. Lionel wychodzi z więzienia i zostaje oczyszczony z winy za sprawą tajemniczego osobnika.

Alicia zostaje rzekomo uleczona i powraca do Smallville, z nadzieją na nowy początek z Clarkiem. Gdy okazuje się, że Clark jest nieczuły na jej usilne starania, Alicia wystawia go na działanie czerwonego kryptonu, w wyniku czego obydwoje udają się do Las Vegas i biorą tam ślub. Lana zastanawia się, czy kluczem do odzyskania względów Jasona może być seks.

Kiedy tajemniczy morderca atakuje Lanę i Jasona, Alicia staje się głównym podejrzanym i nawet Clark nie jest w stanie uwierzyć, że jest niewinna. Czując się zdradzona, potajemnie podpuszcza Clarka do ujawnienia swoich mocy przed jego wszystkimi przyjaciółmi. Genevieve powraca do miasta z propozycją dla Leksa, który ma z kolei coś do zaproponowania Jasonowi.

Clark (Tom Welling) spotyka Geoffa (Chris Carmack), byłego mieszkańca Smallville. Wkrótce staje się jasne, że używa on swych mocy do paraliżowania ludzi, którzy wejdą mu w drogę, nie wyłączając Lois (Erica Durance).

Lois przypadkowo potrąca samochodem psa i przywozi go na farmę, aby tam doprowadzić go do zdrowia. Clark szybko się orientuje, że zwierze posiada niesamowitą moc. Jak się okazuje, w wyniku przeprowadzonego przez Clarka śledztwa, pies był wynikiem nieudanych eksperymentów LuthorCorp, a jego niezwykłe umiejętności były wykorzystywane do kradzieży pieniędzy. Lana zastanawia się, co knuje Jason ze swoją matką.

Po otrzymaniu wiadomości od niedawno zmarłego doktora Swanna, Clark i Lana podążają w ślad za Jasonem i Leksem do Chin w poszukiwaniu jednego z kryształów. Lana zostaje poddana torturom, które uwalniają Isabelle, gotową siać spustoszenie, aby tylko zdobyć kryształ.

Lucy Lane, młodsza siostra Lois, przyjeżdża do Smallville, a Clark przyłapuje ją na kradzieży pieniędzy, które mają posłużyć jej do wypłacenia się europejskiemu syndykatowi przestępczemu. Lex oferuje swoją pomoc, lecz, jak się później okazuje, nic nie jest do końca takie, jakim się zdaje. Do apartamentu Lany wkrada się złodziej i kradnie kryształ. Dla Jasona głównym podejrzanym jest Lionel.

Eksplozja czarnego kryptonitu sprawia, że Lex zmienia się w dwie osoby, gdy uwolniona zostaje jego mroczna osobowość o imieniu Alexander. Lex zostaje uwięziony w swoim domu, podczas gdy Alexander wprowadza w życie swoje złowrogie plany. Nie zawaha się nawet podjąć próby zabójstwa Clarka i Chloe, gdy ci wpadną na trop jego tajemnicy.

Dawn Stiles była jedną z kandydatek do korony królowej szkolnego balu, jednak tuż przed imprezą zapadła w śpiączkę, gdy doszło do wypadku - jej samochód wjechał do rowu pełnego odłamków kryptonitu. Podczas gdy jej ciało jest w śpiączce, Dawn odkrywa, że może posiąść ciała innych, i w ten sposób spełnić swoje marzenie o koronie.

Clark ściga chłopca, który ma zdolność odbierania ludziom wspomnień, jednak również u niego występuje amnezja. Chloe odkrywa, co się stało, i musi uczyć Clarka, jak korzystać z jego supermocy, jednocześnie upewniając się, że Clark nie wyjawi przypadkiem swojego sekretu. Z kolei Lex próbuje wykorzystać sytuację, by wydobyć z Clarka tajemnicę jaskiń.

Badając tajemniczy krater w polu kukurydzy, Clark i Lana odkrywają niemowlę bez rodziców i zabierają je na farmę rodziny Kentów. Jednak gdy chłopiec, Evan, starzeje się o siedem lat w przeciągu jednego dnia, bohaterowie są zmuszeni zwrócić się do Lexa o pomoc.

Clark musi powstrzymać szkolnego fotografa, który ma złowrogi plan - korzysta ze swoich mocy, by porywać uczniów, w tym Chloe i Lanę. Umieszcza ich w zbudowanej przez siebie szkole, gdzie na zawsze chce uwiecznić piękno szkolnych dni. W międzyczasie Lex i Lionel zostają porwani i są torturowani. Czy wyjawią, gdzie znajduje się artefakt?

Clark budzi się z koszmaru sennego i udaje się do jaskini, by zobaczyć się z ojcem, Jor-Elem. Ten ostrzega go, że kryształy znalazły się w rękach ludzi i że dojdzie do kolejnego deszczu meteorytów, który unicestwi Ziemię, o ile Clarkowi nie uda się na powrót połączyć trzech kryształów. W międzyczasie Lex udziela pomocy Lanie - wszystko wskazuje bowiem na to, że popełniła morderstwo...