Akcja serii toczy się w alternatywnej rzeczywistości, w której nie doszło do wytępienia czarownic z Salem. Rząd USA od 300 lat ma podpisaną z nimi stosowną umowę, na mocy której kobiety posiadające zdolności magiczne muszą walczyć dla amerykańskiej armii. Przyglądamy się losom trójki młodych dziewczyn, które trafiają do tytułowego fortu, by tutaj szkolić się do walki oraz pogłębiać swoie zdolności magiczne. Niespodziewanie pojawia się wróg, dysponujący wielkimi czarami, kobiety muszą stawić mu czoła.
Pomimo zagrożenia ze strony Camarilli odkrycie nowych czarownic daje Alder nadzieję. Tally zmaga się ze swoją rolą, a Raelle i Abigail wracają do Fortu Salem z nowymi, tajemniczymi zdolnościami.
Jednostka rozpoczyna War College, wprowadzający ich do Covenu i nowych wyzwań. Anacostia i Scylla stają się nieprawdopodobnymi partnerami w niebezpiecznej misji. Tally opiekuje się nowym rekrutem.
Raelle przygotowuje się do pokazania swoich umiejętności przed najwyższymi władzami, podczas gdy Abigail zmaga się z nową rolą. Tally zaczyna kwestionować swoje niepokojące sny. Anacostia i Scylla tworzą plan dalszej infiltracji wroga.
Narastają nastroje anty-czarownicowe, gdy Jednostka zjawia się na wielkim otwarciu centrum testowania czarownic, by tam bronić porządku. Anacostia i Scylla, śledząc Camarillę działają pod przykrywką.
Jednostka rywalizuje o szansę obcowania ze zmarłymi podczas Samhain. Scylla i Anacostia szukają przywódców Camarilli, uczestnicząc w gali z okazji Halloween i dokonują przerażającego odkrycia.
Raelle przyprowadza Tally do domu, gdzie zmagają się z przeszłością. Abigail musi zmierzyć się z presją ze strony rodziny, kiedy Adil towarzyszy jej w domu.
W finale sezonu Camarilla przenosi walkę do Fortu Salem. Raelle, Abigail, Tally i ich sojusznicy są zmuszeni do dokonania niemożliwych, zmieniających świat wyborów.