W odległej przyszłości korporacja Persona Century wykupiła większość terenów na planecie, pozostawiając jedynie nieliczne wolne strefy. Do jednego z takich miast zwanych "The Dark Side of Tokyo", przybywa członek ruchu oporu, któremu udało się zbiec po nieudanym zamachu. Próbując przeżyć, łączy siły z gangiem dowodzonym przez Mai. W tym samym czasie do miasta dociera tajemniczy Darkside, któremu udało się wydostać z innego wymiaru.