Na Ziemi istniała niegdyś wspaniała cywilizacja. Jej przedstawiciele dysponowali wielką wiedzą, a naukowo byli rozwinięci znaczniej lepiej niż my. Pozostałości po tym antycznym społeczeństwie można nadal odnaleźć, choć są głęboko ukryte. Szybkie sieci komunikacyjne oplatające Ziemię oraz wszystkowidzące satelity sprawiają jednak, że staje się to coraz łatwiejsze. Niestety poszukiwania starożytnych artefaktów dających niewyobrażalną moc nie przebiegają pokojowo i prowadzą do wojen toczonych przez armie potężnych nacji. Po dawnej cywilizacji została też wyryta wiadomość każąca chronić potężne relikty przed złoczyńcami. Pewna organizacja bierze tę wiadomość do serca i postanawia na dobre uniemożliwić wszystkim odnalezienie antycznych skarbów. Elitarni potajemnie działający agenci tego stowarzyszenia zwani są Sprigganami.
Korporacja ARCAM wysyła do Japonii genialną profesor Rie, aby odszyfrowała starożytną inskrypcję. Kiedy zostaje porwana, z odsieczą przybywa jej młody agent Spriggan.
Korporacja ARCAM odkrywa tajemniczą drewnianą łódź w ośnieżonych górach Turcji. Yu musi się zmierzyć z cybernetycznie ulepszonym dzieckiem, które posiada klucz.
Kiedy profesor Kawahara próbuje ochronić potężniejszy od bomby atomowej starożytny artefakt, dochodzi do tragedii. Po wszystkim żądny zemsty Yu rusza do Egiptu.
Yu prosi starego przyjaciela o pomoc w zbadaniu tajemniczej wyspy pojawiającej się co pewien czas na środku oceanu. Gdy ten przyjeżdża, Yu mierzy się z przeszłością.