Alex, Melman, Gloria i Marty są mieszkańcami nowojorskiego Zoo. Nigdy nie zaznały życia na wolności. Pewnego dnia zebra Marty, postanawia uciec z Zoo i rozpocząć nowe życie na wolności. Aby uchronić przyjaciela przed wpadnięciem w tarapaty, lew Alex, hipopotamica Gloria i żyrafa Melman, postanawiają go odszukać i sprowadzić do Zoo. Przechadzające się po ulicach Nowego Jorku zwierzęta szubko jednak zostają złapane, załadowane na statek i wysłane do Afryki. Przez przypadek cała czwórka ląduje na Madagaskarze. Nowojorczycy muszą nauczyć się teraz życia w "dziczy".