Filmy żołnierz, las, wolverine, morderstwo, przestępca

Wydarzenia przedstawione w filmie mają miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z „Magneto” i atakują siedzibę organizacji.

Profesor Charles Xavier, najpotężniejszy telepata na świecie, założył szkołę, w której „mutanci” uczą się wykorzystywać swoje moce dla dobra całej ludzkości – tej samej, która nie chce uznać ich prawa do życia i samostanowienia… W szkole profesora Xaviera pojawia się dwoje nowych „mutantów”: Logan/Rosomak, samotnik ze stalowymi szponami u rąk, który posiadł niezwykłą moc regeneracji, i Marie/Ruda, wyalienowana nastolatka, która pochłania siły życiowe i wspomnienia każdego, kogo dotknie. Rosomak i Ruda wstępują w szeregi „X-Menów”, którzy stają do walki z dawnym kolegą profesora Xaviera, Erikiem Lehnsherrem, zwanym „Magneto”. „Magneto”, dysponujący ogromną mocą „mutant" odwrócił się od społeczeństwa, wyznaje bowiem pogląd, że ludzie i „mutanci” nie mogą pokojowo współistnieć…

Po stracie ukochanej Jean Logan zaszywa się w leśnych ostępach, odrzuciwszy to kim był. Nie mając już celu zgadza się wyruszyć do Japonii, by pożegnać się z człowiekiem, któremu przed laty uratował życie. Na miejscu wszystko się jednak gmatwa i Logan po raz kolejny musi walczyć o życie tylko, że tym razem niemalże jak zwykły śmiertelnik.

Obdarzony regeneracyjnymi zdolnościami mutant przemierza kolejne lata szukając życiowego celu, zamiast tego odnajduje go wojsko.

Coraz powszechniejsze użycie energii atomowej, powoduje mutacje u części populacji i obdarzenie niektórych ludzi niezwykłymi mocami. Wykorzystując nabyte umiejętności niezwykle potężny mutant Sebastian Shaw, postanawia wszcząć wojnę atomową między USA a ZSSR, co wyniszczy normalnych ludzi. Na jego drodze staje jednak telepata Charles Xavier wraz z dawnym podopiecznym Shawa Erikem Lehnsherrem i grupką młodych mutantów.