Filmy obcy język, dziecko w niebezpieczeństwie

Wydarzenia przedstawione w filmie, maja miejsce niedługo po części pierwszej. Tym razem dochodzi do znacznego pogorszenia stosunków, między ludźmi i mutantami. Pewna organizacja rządowa, dokonuje ataku na szkołę Xaviera. Porywają oni większości uczniów, z zamiarem uczynienia z nich broni przeciwko mutantom. Z ataku udaje się jednak uciec kilku członkom X-MEN, którzy łączą swoje siły z Magneto i atakują siedzibę organizacji.

Dahlia Williams chce rozpocząć nowe życie: niedawno rozstała się z mężem, ma nową pracę i nowe mieszkanie w budynku na Roosevelt Island w Nowym Jorku. Zamierza poświęcić się karierze zawodowej, lecz przede wszystkim opiece nad swą pięcioletnią córką, Ceci. Gdy sprawa rozwodowa przybiera coraz bardziej bolesny przebieg, Dahlia przekonuje się, że w jej mieszkaniu dzieją się dziwne rzeczy. Z apartamentu na górze dobiegają zagadkowe odgłosy, w sypialni pojawiają się kałuże wody. Granice pomiędzy realnością a - być może - przywidzeniem stają się coraz bardziej nieostre...

Po 20 latach ludzie w końcu decydują się spacyfikować dystrykt 9 i przesiedlić mieszkających tam kosmitów do obozów koncentracyjnych. Podczas jednej z takich akcji Wikus Van De Merwe, zostaje oblany cieczą pozaziemskiego pochodzenia. W wyniku tego jego ciało zaczyna mutować w jednego z kosmitów.