Emilia Clarke urodziła się w Londynie, a dorastała w hrabstwie Berkshire. Jej ojciec był inżynierem dźwięku w teatrze. Emilia zaczęła grać w wieku 3 lat, kiedy to zobaczyła musical "Show Boat" nad którym w tamtym czasie pracował jej ojciec. W latach 2000-2005 uczęszczała do St. Edward's School of Oxford. Następnie studiowała w prestiżowym Drama Centre London. Od czasu zakończenia edukacji Emilia wystąpiła gościnnie w serialu BBC "Lekarze", odegrała jedną z głównych ról w niezależnym amerykańskim filmie "Triassic Attack", a od 2011 roku można ją podziwiać w serialu stacji HBO "Gra o Tron" jako Khaleesi Księżniczkę Daenerys Targaryen.