Pułkownik Abe Ellis pojawia się na Atlantis z nowym statkiem i nową misją. Doktor Weir nie jest przekonana, czy pułkownik słusznie postępuje, ponieważ niepowodzenie może wywołać wojnę z bardzo potężnym wrogiem. Gdy misja Ellisa przybiera zły obrót, Weir musi podjąć drastyczne kroki, by ocalić Atlantis.