W wybuchowym finale sezonu Percy podejmuje kroki w celu przejęcia CIA, a Michael zostaje uwięziony wewnątrz Dywizji, przez co nie może pomóc Nikicie, która może zapłacić własnym życiem za wsparcie dla Alex.
Michael dowiaduje się, że Percy zlecił Dywizji zabicie każdego, kto jest w stanie rozszyfrować zawartość czarnych skrzynek. W związku z tym wysyła Nikitę, aby ocaliła ostatnią osobę na liście, kryptologa CIA o imieniu Malcolm.