Akcja rozgrywa się w roku 2015, piętnaście lat po katastrofie znanej jako Drugie Uderzenie, podobno spowodowanej upadkiem meteorytu na Antarktydę, który doprowadził do przesunięcia osi ziemskiej, zmian klimatu, powodzi i zmniejszenia populacji ludzkości o połowę. Kiedy ludzkości udaje się częściowo naprawić wyrządzone przez katastrofę szkody, Nowe Tokio-3 – zmilitaryzowane miasto zlokalizowane na ostatnich suchych obszarach Japonii – atakują dziwne istoty zwane Aniołami. Broń konwencjonalna okazuje się wobec nich bezużyteczna. Do walki w obronie Ziemi powstała organizacja NERV, która skonstruowała biomechaniczne roboty Evangeliony, sterowane przez wyznaczone do tego dzieci. Oprócz obrony przed atakami Aniołów, NERV ma jeszcze jedno zadanie do przeprowadzenia, Projekt Dopełnienia Ludzkości, a główną siłą czuwającą nad realizacją projektu jest tajna organizacja SEELE. Głównym bohaterem jest czternastoletni chłopiec, Shinji Ikari. Po latach rozłąki z ojcem zostaje przez niego wezwany do głównej siedziby NERVu, gdzie dowiaduję się, że ma być pilotem Evangeliona. Czy będzie gotów podjąć to zadanie, od którego zależą losy całego świata?