Doktor Temperance Brennan, antropolożka, wraca z Gwatemali, gdzie zajmowała się identyfikacją ofiar ludobójstwa. Zostaje zatrzymana na lotnisku, gdzie odbywa rozmowę z agentem FBI. Feneralne Biuro Śledcze prosi specjalistkę o pomoc przy prowadzonym dochodzeniu. Współpraca zespołu laboratoryjnego bardzo szybko daje doskonałe wyniki. Udaje się zidentyfikować znalezione zwłoki, a z czasem i sprawcę zbrodni.

Pod jedną z waszyngtońskich kawiarni eksploduje auto pułapka. Poza kierowcą, za sprawą wybuchu ginie czterech przypadkowych przechodniów. Agenci szybko ustalają, że SUV z bombą należał do Hamida Marsuka, dyplomaty pochodzącego z Bliskiego Wschodu. Doktor Brennan bada szczątki ofiar wypadku. Istnieje podejrzenie, że był to samobójczy zamach przeprowadzony przez Marsuka. W toku śledztwa wychodzi na jaw, iż właściciel samochodu prawdopodobnie nie był sprawcą, a ofiarą wypadku.

Doktor Brennan współpracuje z agentem FBI Boothem przy kolejnej sprawie. Para bada okoliczności tajemniczej śmierci studenta elitarnej szkoły. Udaje się ustalić tożsamość chłopaka, okazuje się, że był to syn ambasadora Wenezueli. Pomimo sprzeciwu szkoły i rodziców, stróże prawa rozpoczynają przesłuchania wśród uczniów, którzy mogą być zamieszani w zbrodnię. Wychodzi na jaw, że najbliżsi znajomi zmarłego starają się przemilczeć wiele spraw.

Strażnik leśny wraz z weterynarzem, odnajdują zwłoki niedźwiedzia, który niedawno połknął ludzką rękę. Kończyna zostaje przesłana do analizy, której dokonać ma instytut doktor Brennan. Badanie wykazuje, że ręka została odcięta człowiekowi zanim niedźwiedź ją znalazł. Booth i Brennan ruszają wspólnie do stanu Waszyngton, aby tam przeprowadzić wnikliwe śledztwo. Z czasem okazuje się, że poszukują mordercy kanibala.

Booth prosi doktor Brennan o pomoc w identyfikacji zwłok sześcioletniego chłopca znalezionego w okolicy centrum handlowego. Pani doktor i jej zespół, szybko ustalają, że ciało należy do zaginionego niedawno Charliego Sandersa. W trakcie oględzin okazuje się, że chłopiec został zgwałcony. Z czasem wychodzi na jaw, że okoliczności zaginięcia nie są takie, jak pierwotnie ustalono. Tymczasem w Jeffersonian Institute trwają przygotowania do imprezy dla sponsorów, na której obowiązkowo mają być obecni wszyscy pracownicy.

Angela namawia doktor Brennan na wyjście do klubu hiphopowego. Niechętna Temperance z czasem ulega. Podczas wizyty w nocnym klubie, źle zrozumiana wypowiedź pani doktor, prowadzi do bójki w trakcie której, jeden z uczestników wpada na ścianę i przebija ją na wylot. W zdewastowanej ścianie znajdują się zmumifikowane zwłoki z torbą metamfetaminy na klatce piersiowej. Pod wpływem uderzenia, narkotyk przedostaje się do sali i odurza wszystkich klubowiczów. Booth bada okoliczności zajścia.

Przebywający w celi śmierci Howard Epps utrzymuje, że jest niewinny. Potwierdza to jego adwokat. Aresztowany przez Bootha skazaniec, został oskarżony o zamordowanie siedemnastoletniej dziewczyny. Agent Booth na 30 godzin przed egzekucją, decyduje się uspokoić sumienie i ponownie zbadać wszystkie okoliczności sprawy. Z pomocą federalnemu przychodzi doktor Brennan i jej zespół.

Z wizytą do dr Brennan przybywa jej były chłopak Stires. Eks para planuje wspólne wyjście na kolację, plany komplikuje Booth, który pojawia się w laboratorium z ubrudzoną ziemią lodówką, w której znajdują się ludzkie zwłoki. Zespół w trakcie śledztwa ustala, że jest to dwudziestoletnia dziewczyna, Maggie, porwana blisko rok wcześniej dla okupu. Dziewczyna była uzależniona od narkotyków. W sprawę zamieszana jest Mary Costello. W domu Costellów, agent Booth spostrzega nową lodówkę oraz obciążające ślady.

Angela namawia dr Brennan na firmowe przyjęcie gwiazdkowe. Tymczasem Booth pojawia się z kolejnym zadaniem dla zespołu. W starym schronie atomowym odnalezione zostaje ciało mężczyzny, który zmarł wiele lat wcześniej. Lekarze wykluczają samobójstwo, ponieważ w kieszeni zmarłego znajdują dwa bilety w jedną stronę do Paryża. Tymczasem Zack i Hodgins postanawiają doprawić świąteczny poncz alkoholem.

Nowa książka dr Brennan staje się bestsellerem, a kobieta udziela wywiadu w telewizji. Jej chłodne, naukowe podejście nie przysparza jej wielu fanów. Tymczasem w spalonym samochodzie znalezione zostają kobiece zwłoki oraz dziecięcy but. Booth próbuje ustalić, czy na miejscu doszło do porwania dziecka. Angela pracuje nad stworzeniem wirtualnej rekonstrukcji twarzy kobiety, dzięki czemu udaje się ustalić jej tożsamość. Zwłoki należą do Poliny Rozaliny Semov, imigrantki, która poślubiła w Stanach Carla Deckera.

Brennan i Booth wyruszają razem do Los Angeles, aby zbadać sprawę morderstwa pewnej call girl. Ofiara przeszła liczne operacje plastyczne. Doktor Brennan liczy na to, że uda jej się spotkać z hollywoodzkim producentem, który jest zainteresowany nakręceniem filmu na podstawie jej książki. Tymczasem w instytucie dochodzi do konfliktu między Goodmanem i Hodginsem.

Brennan i Booth prowadzą wspólne śledztwo w sprawie pochodzenia rozkładającego się ciała, które znaleziono ubrane w niecodzienny kostium w jednej z uliczek. W trakcie dochodzenia zespół odkrywa, że nastolatek, którego szczątki znaleziono, prawdopodobnie prowadził podwójne życie. Booth i Brennan dowiadują się, że Warren napisał komiks i stworzył własnego bohatera.

Booth i Brennan prowadzą dochodzenie w sprawie zwłok odnalezionych w bagażniku samochodu członka gangu. W czasie przesłuchania mężczyzny nadjeżdża kolejne auto i wybucha strzelanina. Podejrzanemu udaje się zbiec. Booth i Brennan podążają za wskazówkami, które doprowadzają ich do pustego grobu oraz do domu senatora, gdzie pracował członek gangu.

Brennan i Zack przeszukują miejsce, w którym rozbił się samolot z chińskimi dyplomatami i kobietą na pokładzie. Na miejscu zdarzenia Brennan znajduje fragmenty kości, które nie należą do żadnego z pasażerów. Okazuje się, że są to szczątki człowieka, który zginął pięć lat wcześniej. Doktor Goodman oczekuje od zespołu jedynie zbadania okoliczności śmierci dyplomatów. Jednak pani doktor, postanawia rozwiązać obie sprawy jednocześnie.

Brennan umawia się na randkę przez Internet, jednocześnie pani doktor dostaje pilne zlecenie. W zatoce Chesapeake znalezione zostają zwłoki zastrzelonego mężczyzny. FBI stara się dociec, czy jest to James Cugini, mafioso, który zaginął sześć lat wcześniej. Booth bada również sprawę odnalezionych w magazynie zwłok przywiązanych do łóżka. Wszystko wskazuje na to, że przed śmiercią ciało zostało okrutnie okaleczone. Podczas randki ktoś strzela do Brennan.

Bones i Booth znajdują w szybie wentylacyjnym szczątki kobiety, która kręciła filmy dokumentalne. Zespół dowodzony przez Brennan i Booth schodzi do świata, który bezdomni stworzyli sobie w tunelach i bada okoliczności śmierci dwudziestoczteroletniej Marti Hunter. Agenci aresztują byłego żołnierza, u którego znajdują aparat Marti oraz zakrwawione ubrania.

Angela Montenegro, w trakcie wakacji na pustyni Navajo, zwraca się do doktor Brennan z prośbą o pomoc. Angela odnajduje czaszkę i obawia się, że należała ona do chłopaka, z którym przez wiele lat korespondowała, Kirka Persingera. Mężczyzna jakiś czas temu zaginął z miejscową przewodniczką. Doktor Brennan nieoficjalnie zajmuje się śledztwem.

Zwłoki Teda Macysa zostają znalezione na wyspie Assateague, w pobliżu Parku Narodowego, gdzie prawdopodobnie ukryty został skarb Czarnobrodego. Booth i Brennan prowadzą dochodzenie w sprawie 300-letniej kości palca. Zespół jednocześnie dowiaduje się więcej o miejscu, gdzie mógł zostać ukryty skarb piratów. Hodgins jest podekscytowany faktem, że opuszcza laboratorium, aby pomóc w sprawie.

Doktor Brennan postanawia spędzić swój urlop pomagając w Nowym Orleanie identyfikować ofiary huraganu Katrina. Nie wiadomo jak i dlaczego, kobieta budzi się w hotelu, obita i zakrwawiona, nie pamiętając co się stało. Booth przyjeżdża, by pomóc ustalić przebieg wydarzeń. Tymczasem gdy miejscowa policja odnajduje martwego eksperta medycznego, dr Brennan staje się główną podejrzaną. Śledztwo prowadzi w świat voodoo.

Ekipa pomaga córce szefa Bootha, Sama Cullena – Amy. U kobiety wykryto raka po przeszczepie fragmentu kości. Booth i Brennan odkrywają, że Amy nie jest jedyną ofiarą, która cierpi na powikłania nowotworowe po przeszczepie. Dochodzenie wykazuje, że stało się tak za sprawą rażących zaniedbań lekarskich.

Brennan i Booth prowadzą śledztwo w sprawie zabójstwa na cmentarzu Arlington. W rocznicę śmierci Charliego Kenta, żołnierza zabitego w Iraku, znaleziono na jego grobie zwęglone zwłoki. Wszyscy podejrzewają, że był to akt samospalenia w proteście przeciwko wojnie, jednak Brennan wątpi w wersję samobójstwa. Tymczasem Booth wspomina swoją ciemną przeszłość jako snajpera w wojsku oraz horrory wojny.

Instytut prowadzi badania w związku z odnalezieniem szczątków niezidentyfikowanej kobiety. Zespół przygotowuje rekonstrukcje twarzy na podstawie czaszki. Kiedy doktor Brennan widzi przygotowaną przez Angelę twarz zmarłej, natychmiast każe przenieść zwłoki i wszystkie jej rzeczy do swojego gabinetu. Wśród znalezionych przedmiotów lekarka odnajduje klamrę w kształcie delfina, która należała do jej zmarłej matki.

Brennan bierze udział w dochodzeniu po wypadku kolejowym. Na miejscu katastrofy odnalezione zostają ciała ofiar, w tym jedno należące do amerykańskiego senatora Paula Davisa. Zwłoki polityka znajdowały się w samochodzie, który zaparkowany został na torach. Tymczasem Bones stara się odnaleźć swego ojca. W Instytucie rozpoczyna pracę nowa szefowa, doktor Camille Saroyan.

Booth i Brennan badają znalezione w zatoce Delaware szczątki matki oraz jej nienarodzonego dziecka. Kobieta jest młodą mężatką, która zaginęła rok wcześniej w tajemniczych okolicznościach. Pierwszym podejrzanym o morderstwo jest mąż kobiety. Ten jednak znika, zanim udaje się go przesłuchać. Booth jest zdołowany, ponieważ jego była dziewczyna pozwala ich synowi spędzać czas ze swoim nowym chłopakiem.

Zwłoki zaginionego przed trzema tygodniami chłopaka, Dylana Crane’a zostają odnalezione w śmieciarce. W trakcie dochodzenia, okazuje się, że główną podejrzaną jest przygarnięta przez rodzinę zastępczą siedemnastoletnia dziewczyna, Kelly. Tymczasem nasila się konflikt pomiędzy Bones i Cam.

Po tym jak wykopane zostają szczątki młodej dziewczyny, zespół Booth i Bones uznaje za oczywiste, że nie padła ona ofiarą przypadkowego mordercy. Podczas dokładnej analizy laboratoryjnej potwierdza się, iż prawdopodobnie mają do czynienia z seryjnym zabójcą. Z czasem zostaje odnalezione kolejne ciało. Bones i jej zespół muszą rozwiązać sprawę, zanim ucierpią kolejne kobiety.

Bones i Booth prowadzą dochodzenie w sprawie zwłok znalezionych w wannie z chemikaliami. Rozłożone ciało jest trudne do zidentyfikowania. W trakcie śledztwa, krąg podejrzanych zacieśnia się do dwóch osób. Z czasem okazuje się, że zamordowany mężczyzna miał dwie żony i dziewczynę. Tymczasem zespół zastanawia się nad uczuciami Bootha do Rebecci, która odrzuciła jego propozycję małżeńską.

W wyniku eksplozji w hotelu giną ludzie, w tym kilku uczestników międzynarodowej konwencji do spraw zwalczania zorganizowanego handlu narkotykami. Pośród zmarłych są między innymi ksiądz, prokurator ekwadorski, a także kelnerka Lisa Winnaker, która jak się okazało została zgwałcona i zamordowana jeszcze przed wybuchem. Dziewczyna była umówiona z synem Dolores Ramos, kolumbijskiej sędziny, którą chroni immunitet dyplomatyczny.

Zespół stara się rozwikłać sprawę śmierci dziewięcioletniej małej miss piękności. W trakcie śledztwa podejrzenia padają na rodziców uczestniczek konkursu. Breennan udaje się na zajęcia taneczne dla dziewczynek, licząc że tam znajdzie zabójcę. Wizyta na lekcji okazuje się jednak błędem. Hodgins i Angela idą na wyjątkowo udaną randkę.

Na pustyni w okolicy Las Vegas odnalezione zostają szczątki prokuratora federalnego, który zaginął pięć lat wcześniej. Podczas zabezpieczania okolicy i poszukiwania jakichkolwiek śladów, policja trafia także na zwłoki kobiety. Zespół badający okoliczności śmierci ofiar dochodzi do wniosku, że zostały one zabite przez tego samego mordercę. Na ciele zamordowanej kobiety Brennan odnajduje ślady długoletniej przemocy domowej.