Grupa naukowców i wojskowych przechodzi przez Gwiezdne Wrota na antyczny statek kosmiczny. Są miliony lat świetlnych od Ziemi, starają się przetrwać i szukają sposobu powrotu do domu, przy okazji badając ogromny, tajemniczy statek.
Kiedy sekretna baza militarna zostaje zaatakowana pułkownik Everett Young wydaje rozkaz do odwrotu. Pułkownik zarządza ewakuację na Ziemię, jednak Dr Nicholas Rush uruchamia statek, który zabiera uciekinierów w daleką przestrzeń.
Grupa uciekinierów znajduje się na statku kosmicznym, który dryfuje w przestrzeni kosmicznej oddalony miliony lat świetlnych od Ziemi. Wśród załogi narasta panika i przerażenie zaistniałą sytuacją. Pułkownik Young, który został ciężko ranny w ucieczce przekazuje dowodzenie porucznikowi Scottowi.
Członkowie załogi odkrywają przeciek tlenu na statku Desitny. Wraz ze spadającym poziomem tlenu na pokładzie, postanawiają wylądować na opuszczonej, pustynnej planecie w nadziei, że odnajdą tam skały, które wchłoną nadmiar dwutlenku węgla. Jednak poszukiwania nie przynoszą rezultatu...
Kolejna awaria na statku Destiny. Tym razem wskaźniki rezerw energii wskazują niepokojąco niski poziom. Dr Nicholas Rush stara się wyeliminować ten problem, lecz bezskutecznie. By zminimalizować ryzyko krytycznej awarii Dr Rush zaleca członkom załogi ograniczenie zużycia energii do niezbędnego minimum. Jednak nagle na statku gasną światła...
Statek Destiny, wciąż nie ma wystarczającej ilości energii by uniknąć zderzenia z meteoroidą. Sytuacja staje się krytyczna. Powstaje plan opuszczenie statku w nadziei, że któraś z 3 nieodległych planet, okaże możliwa do zamieszkania. Jednak okazuje się, że do kabiny ratunkowej nie zmieszczą się wszyscy...
Rezerwy wody pitnej na statku Destiny ciągle spadają. Dr Rush nie odnajduje żadnej naukowej przyczyny takiego ubytku wody. Dlatego też członkowie załogi muszą znaleźć nowe źródło wody pitnej. W tym celu udają się na planetę w całości pokrytą zmarzliną.
We współpracy z Międzynarodowym Komitetem Nadzoru członkowie załogi organizują próbę powrotu na Ziemię. Jednak jest to operacja o niezwykle wysokim ryzyku, ceną tej próby może być nawet życie członków załogi. Część z nich kontaktuje się z rodzinami na Ziemi być może po raz ostatni.
Załoga statku Destiny leci na opuszczoną planetę, w całości porośniętą dżunglą. Załoga odkrywa tajemnicze wideo. Wkrótce niektórzy zaczynają chorować. W obawie przed rozsianiem epidemii, część załogi rozbija obóz w dżungli, tak by zapobiec rozprzestrzenianiu się tajemniczego wirusa.
Porucznik Scott i Camille Wray mają okazję spotkać się ze swoimi najbliższymi na Ziemi. Camille wraca do domu by spędzić czas ze swoim partnerem. W tym samym czasie Scott uświadamia sobie, że związki z przeszłości mogą nie skończyć się tak jak myślał. Na pokładzie Destiny Dr Nicholas Rush nadzoruje odkrywanie nowych, nieznanych dotąd miejsc na statku.
Załoga statku przeżywa szok, kiedy znajdują jednego z nich martwego z raną postrzałową. Na pierwszy rzut oka wydaje się, że było to samobójstwo jednak nigdzie nie można znaleźć broni. Kiedy pistolet odnajduje się w kabinie porucznika Younga staje się on jedynym podejrzanym.
Pułkownik Young próbuje skontaktować się z Ziemią, by zdać raport na temat ostatnich tajemniczych zgonów na pokładzie statku Destiny. Jednak w trakcie łączenia z Ziemią jego świadomość zostaje przeniesiona w inne miejsce. Wkrótce po awarii pojawia się statek obcych, którzy żądają aby załoga Destiny poddała się.
Dr Nicholas Rush i Chloe od czasu ostatnich wydarzeń cierpią na nocne koszmary. Rush obawia się, że na pokładzie Destiny może być schowane urządzenie podające dokładne położenie statku. Young i Scott rozpoczynają przeszukanie na pokładzie.
Monotonia, zmniejszające się zapasy i niskie morale - to najbardziej nęka teraz załogę. Nagle, Destiny zbacza z obranego kursu i wpada w orbitę nieznanej dotąd gwiazdy, w pobliżu której jest tylko jedna planeta. Scott organizuje niewielką grupę, która udaje się w jej kierunku.
Dr Rush wbrew rozkazom Young’a podłącza się bezpośrednio do komputera Destiny w nadziei, że znajdzie kod pozwalający na sterowanie statkiem. W międzyczasie załoga ląduje na planecie, na której widać ślady cywilizacji. Jednak załoga ma tylko 6 godzin na przeszukanie starych ruin.
Sytuacja staje się krytyczna kiedy Scott, Eli, Chloe i Greer zostają uwięzieni w podziemnym labiryncie. Destiny poleciała dalej – bez nich. Najpierw muszą znaleźć wyjście z upiornego labiryntu, a dopiero potem znaleźć sposób na przeżycie poza pokładem Desitny.
Kiedy Destiny przygotowuje się do przejścia do innej galaktyki, trzech członków załogi jest wciąż na planecie. Jeśli Destiny odleci, nie będą oni mieli szans na ratunek. By podwyższyć wydajność statku, na pokład zostaje przeniesiona Amanda Perry – genialny naukowiec, z którą Rush pracował w przeszłości.
Kilku członków załogi statku Desitny ma halucynacje, w których pojawiają się ich lęki i pragnienia. Niektórzy przeczuwają, że są to początki załamania nerwowego, spowodowanego trudnym życiem na pokładzie. Po obserwacji Dr Tamara Johansen widzi związek pomiędzy halucynacjami i ostatnią wizytą członków załogi na pewnej planecie.
Dr Nicholas Rush opowiada Youngowi treść dziwnego snu, który przyśnił mu się poprzedniej nocy, w którym to powraca na Ziemię. Young podejrzewa, że może mieć to związek z Telfordem, którego podejrzewa o szpiegostwo.
Young stara się pomóc Telfordowi, który prawdopodobnie został poddany praniu mózgu i to z jego winy, baza Icarus została zaatakowana. Wkrótce Telford wyjawia, że Destiny jest w ciągłym zagrożeniu i w każdej chwili może zostać zaatakowana. Tymczasem Dr Rush dostaje się do niewoli.
Konsekwencją nieudanego przejęcia kontroli nad dowodzeniem Destiny są ofiary i zakładnicy po obydwu stronach konfliktu. Na pokładzie statku zdarzają się nagłe spadki energii, które są spowodowane promieniowaniem, które wkrótce całkowicie zniszczy tarcze ochronne Destiny. Wówczas wszyscy znajdujący się na pokładzie zginą.
Członkowie Przymierza Lucjan trzymają na muszce pułkownika Younga i większość wojskowej załogi Destiny. Dannic nie ma żadnych skrupułów i jest gotów zabić tą część załogi statku, jednak Varro przekonuje go, aby porzucić jeńców na najbliższej planecie. W międzyczasie dr Rushowi, Brody’emu, Chloe i Eli udało się odzyskać część kontroli nad statkiem.
Dr Rush regeneruje się po ostatnich wydarzeniach. Udaje mu się odblokować dostęp do sterowni Destiny. W zasięgu statku pojawia się planeta, która wydaje się być zamieszkała, jednak z jakiegoś powodu jest zablokowana w ustawieniach statku Destiny. Załoga decyduje się, pomimo blokady planety, wylądować na niej by uzupełnić kończące się zapasy jedzenia i wody.
Jeśli Destiny nie zmieni kursu zderzy się ze starożytnym statkiem o podobnej budowie, który dryfuje w przestrzeni kosmicznej. Narasta panika gdy statki zbliżają się do siebie. Wkrótce załoga zrozumie, że jest to statek wysłany przez starożytnych.
Zachowanie Chloe robi się coraz bardziej podejrzane. Eli zostaje wezwany na Ziemię, ponieważ stan zdrowia jego matki znacznie się pogorszył. Scott w trakcie przeszukiwania rzeczy Chloe dokonuje szokującego odkrycia. Znajduje dziennik z pismem obcych.
Podczas przeszukiwania nowej planety Porucznik Scott natrafia na agresywne roślinne stworzenia, które atakują go i zarażają wirusem. Nie chcąc zakazić załogi Destiny, Tamara stara się powstrzymać wirusa przed dalszym rozprzestrzenianiem w organizmie Scotta. Scott co chwilę traci przytomność, ma halucynacje. Wkrótce infekcja sprawia, że Scott coraz bardziej odrywa się od rzeczywistości.
Pułkownik Young ma powtarzające się wizje, w których Destiny zostaje zaatakowana i zniszczona przez Obcych – przez tych samych, którzy zaatakowali Dr Rusha i Chloe. Young wierzy, że są to prorocze wizje, dlatego stara się skupić na odzyskaniu kontroli nad statkiem i stawia całą załogę w stan najwyższej gotowości.
Załoga Destiny natrafia na dryfujący w przestrzeni kosmicznej statek. Dr Rush sugeruje przeszukanie statku w poszukiwaniu wartościowych danych. Rush i Young muszą udać się na niebezpieczny spacer w przestrzeni kosmicznej by przeszukać opuszczony statek. Gdy udaje im się dotrzeć do statku zauważają, że jest on podobny to statku, który napotkali wcześniej...
Simeon organizuje ucieczkę, w trakcie, której zabija strażnika. Simeon bierze Dr Park jako zakładnika i zmusza Volkera do połączenia się z planetą i ucieka ze statku. Gdy Rush znajduje ciało Ginn i postanawia się zemścić.
Członkowie załogi Destiny, którzy przed rokiem zostali na pewnej planecie pojawiają się nagle na pokładzie statku. Daje to Tamarze nadzieje na odnalezienie zaginionej córki. Zagadka nagłego pojawienia się dawno zagubionych członków załogi pozostaje niewyjaśniona. Dr Caine i reszta nie wiedzą jak się dostali na statek.
Destiny rejestruje śladową ilość energii pochodzącą spoza statku. Dr Rush wierzy, że może ona pochodzić z jakiegoś źródła energii lub może być dowodem na istnienie inteligentnych istot w otoczeniu Destiny. Young niechętnie przystaje na propozycję Rusha i zmienia kurs Destiny.