Jest rok 2414. 400 lat wcześniej śmiertelny wirus zmiótł z powierzchni ziemi połowę ludzkiej populacji. Ci, którzy przeżyli mieszkają w Bragna, ufortyfikowanym mieście otoczonym ścianą izolującą ludzi od wirusa szalejącego na zewnątrz. Jedną z rezydentek Bragna City jest Æon Flux, tajemnicza zabójczyni, która pracuje dla podziemnej grupy rebeliantów pod przywództwem Handlera. Jej ostatnim zadaniem jest zabójstwo Trevora Goodchilda, członka rady nadzorczej miasta. Kiedy zostaje zamordowana przez agentów rządowych Una, młodsza siostra Æon, zmienia zamiar porzucając wykonanie rozkazu i w zamian za to decyduje się ochraniać Trevora, odkrywając, że jego brat Oren oraz inni członkowie rady spiskują przeciw niemu. Gdy Handler odkrywa, że Æon nie wykonała zadania, poleca ją wyeliminować. Teraz Æon stawia wszystko na jedną kartę, nie tylko ochraniając Trevora, lecz również starając się odkryć tajemnice swojej własnej niejasnej przeszłości oraz poznać do czego dąży rada Bragna City.