W połowie osiemnastego wieku hiszpański jezuita, ojciec Gabriel (Jeremy Irons) zakłada misję w rejonie południowoamerykańskiego wodospadu Iguazu, chrystianizując lokalną ludność Indian Guaraní. Wkrótce dołącza doń nawrócony handlarz niewolnikami i okrutnik Rodrigo Mendoza (Robert De Niro), pragnący posługą misyjną zmyć z dłoni krew własnego brata. Niestety, byt misji zostaje zagrożony po podpisaniu traktatu madryckiego między Hiszpanią i Portugalią. Czy zakonnicy pożegnają się ze zbudowaną przez siebie kwitnącą wspólnotą bez walki…?