Film opowiada historię życia skromnego mnicha, Ojca Pio, którą przedstawiono z punktu widzenia jego przyjaciółki, Emilii. Kardynał zaprasza ją do Watykanu, aby w perspektywie ewentualnej kanonizacji, opowiedziała wszystko co wie o Ojcu Pio. Dzięki jej wspomnieniom przenosimy się w czasie do roku 1918, kiedy to skromny mnich w klasztorze kapucynów, ofiarowuje siebie w modlitwie w zamian za zakończenie I Wojny Światowej. W wyniku tej żarliwej modlitwy na rękach i nogach mnicha pojawiają się stygmaty, co jest początkiem drogi Ojca Pio w budowaniu nowoczesnego szpitala - "Domu ulgi w cierpieniu". Pomaga mu w tym dziele życia właśnie Emilia i jej mąż, dr Sanguineti.