Jako nastolatka oczekująca na wyrok śmierci Nikita zostaje uratowana przez Sekcję – tajną organizację, która wyszkoliła ją na szpiega i zabójcę. Po tym jak została zdradzona przez agencję, spędziła trzy lata w ukryciu. Teraz szuka zemsty, nie zatrzymując się przed niczym – chce ujawnić i zniszczyć agencję, jej działalność, byłego szefa, Percy’ego, oraz dawnych przyjaciół z Sekcji. Tymczasem organizacja kontynuuje rekrutację nowych członków spośród młodych ludzi. Szkolenie polega na wymazaniu ich przeszłości i przemianę w bezlitosnych zabójców.
Jako nastolatka oczekująca na wyrok śmierci Nikita zostaje uratowana przez Sekcję – tajną organizację, która wyszkoliła ją na szpiega i zabójcę. Po tym jak została zdradzona przez agencję, spędziła trzy lata w ukryciu. Teraz szuka zemsty, nie zatrzymując się przed niczym – chce ujawnić i zniszczyć agencję, jej działalność, byłego szefa, Percy’ego, oraz dawnych przyjaciół z Sekcji. Tymczasem organizacja kontynuuje rekrutację nowych członków spośród młodych ludzi. Szkolenie polega na wymazaniu ich przeszłości i przemianę w bezlitosnych zabójców.
Percy i Michael porywają słowiańskiego przywódcę oskarżonego o dokonanie zbrodni wojennych – człowieka, którego mają za zadanie przeciągnąć na swoją stronę. Nikicie udaje się wytropić ich działalność. Próbuje pokrzyżować im plany, ale uprzedza ją grupa najemników. Alex zostaje zaangażowana do specjalnego zadania, które stawia ją na linii ognia. Retrospekcja ujawnia ważny punkt zwrotny w życiu Nikity.
Nikita ratuje dziennikarza, który wpada w tarapaty, próbując ujawnić spisek. Birkhoff jest podejrzany o to, że pomaga jej w niszczeniu agencji od środka. Michael usiłuje znaleźć swój cel z pomocą Jadena, Alex i Thoma.
Nikita próbuje łagodzić dramatyczne skutki zabójstwa ważnego rządowego oficjela. Podczas misji Michael ratuje Nikitę i zaczyna mieć wątpliwości co do motywów Percy’ego. Alex dostaje ataku paniki w trakcie podstawowego szkolenia w Sekcji. Amanda pomaga jej zwalczyć klaustrofobię.
Percy postanawia osobiście odnaleźć znanego przestępcę, który okazuje się agentem Sekcji o pseudonimie "Owen". Michael nabiera podejrzeń co do jego motywów. Prowadzi to do starcia między Percym, Owenem i Nikitą. Tymczasem Thom przyłapuje Alex na próbie ostrzeżenia Nikity.
Grupa terrorystów atakuje autobus z rekrutami Sekcji. Alex i Thom – którzy nie wiedzą, że atak został sfingowany przez agencję – zostają porwani. Michael, Percy i Amanda obserwują, jak Alex jest poddawana torturom. Dziewczynie udaje się jednak uciec i skontaktować z Nikitą. W tym czasie Owen zaczyna ufać Nikicie i dostarcza jej alarmujących informacji o jej narzeczonym.
Alex powiadamia Nikitę, że jeden z rekrutów Sekcji został wysłany na misję samobójczą. Nikita przechwytuje rekruta; w tym samym momencie pojawia się Michael, co kończy się wymianą ognia. Tymczasem w siedzibie Sekcji jeden z rekrutów atakuje kilku strażników.
W ramach podziękowania za stałe wsparcie finansowe Sekcja zleca Thomowi wyeliminowanie kochanki senatora Stanów Zjednoczonych i zatuszowanie sprawy. Nikita próbuje dotrzeć do kobiety poprzez jej rodziców, ale sprawy potoczą się inaczej, niż zaplanowała.
Nikita postanawia pomóc Michaelowi, który rusza w pościg za mordercą swojej rodziny. Percy dowiaduje się o jej udziale i wysyła za nią agentów, zagrażając ich misji. Tymczasem Alex kłamie, by zatuszować swoją pomyłkę przy przeszukiwaniu akt medycznych Sekcji, narażając tym samym Jaydena.
Owen ujawnia mediom tajne informacje z czarnych skrzynek Sekcji – między innymi o tym, że to rząd USA stoi za zamachem w Chile. W odpowiedzi Percy wrabia Ryana w zamach. Nikita i Owen wyruszają do Chile, żeby uratować Ryana przez najemnikami, i zostają złapani. Aby ocalić życie, Nikita zdradza Ryanowi sekrety Sekcji. Tymczasem Alex szpieguje Percy’ego i Birkhoffa.
Alex informuje Nikitę, że Sekcja wysyła ją na pierwszą misję. Dziewczyna ma opory przed zamordowaniem człowieka, ale Nikita proponuje, że pomoże jej w tym zadaniu. Birkhoff odkrywa program używany przez wtyczkę do kontaktu z Nikitą i informuje o tym Percy’ego oraz Michaela. Podczas misji Alex wpada w tarapaty i Nikita podejmuje szybką decyzję, aby oczyścić imię kadetki. Tymczasem Jayden próbuje udowodnić, że Alex jest szpiegiem, a Thom broni dziewczyny, jednak tylko przypadkiem zostaje oczyszczona z zarzutów.
Alex zostaje awansowana na agentkę i Sekcja przydziela jej mieszkanie oraz nową tożsamość. Sąsiad zaprasza ja na imprezę, ale Nikita ostrzega dziewczynę przed wiązaniem się z ludźmi. Alex szuka sposobu, by pogodzić obowiązki z normalnym życiem. Nikita odkrywa, że Sekcja wszczepiła Alex chip, więc próbuje przejąć nad nim kontrolę. Podczas przesłuchania Birkhoffa odkrywa szokującą tajemnicę.
Pierwszym zadaniem Alex i jej grupy jest zabicie księcia Gruzji podczas gali, która odbędzie się w muzeum. Alex opowiada o tym Nikicie i razem układają plan sabotowania misji. Jednak Nikita powierza plan niewłaściwej osobie, co może doprowadzić do pokrzyżowania jej planów.
Ryan zdobywa informacje o broni, która ma zostać przemycona do USA. Prosi Nikitę o pomoc w przechwyceniu transportu. Kobieta odkrywa, że odpowiedzialnym za przewiezienie broni jest Voss, były agent Sekcji.
Podczas misji Alex wpada na dawną przyjaciółkę, Irinę. Kiedy próbuje jej pomóc w ucieczce przed prześladowcą, ta wydaje ją wprost w ręce rosyjskiego gangstera, Vlada. Nikita usiłuje ocalić Alex, ale niespodziewanie natyka się na Michaela.
Amanda podaje Alex leki uspokajające, aby jak najszybciej przywrócić ją do zdrowia po ostatniej misji. Następnie wykorzystuje fakt, że dziewczyna jest otumaniona lekami i przesłuchuje ją, aby poznać jej tajemnice. Nikita uświadamia sobie, że młoda agentka jest w niebezpieczeństwie, więc przygotowuje dla niej tożsamość, która pozwoli wywieźć dziewczynę z kraju.
Michael nachodzi Nikitę w jej kryjówce i informuje, że wie o Alex. Grozi agentce, że wyjawi tajemnicę dziewczyny Percy’emu, jeśli Nikita nie odnajdzie dla niego Kasima, człowieka odpowiedzialnego za śmierć rodziny Michaela.
Owen zdobywa informacje na temat lokalizacji jednej z czarnych skrzynek Percy’ego. Aby ją zdobyć, razem z Nikitą wyrusza do Londynu. Owen mówi Nikicie, że chce ujawnić informacje ze skrzynki, ale agentka nie popiera jego decyzji, więc Owen się od niej odwraca.
Nikita dochodzi do wniosku, że sytuacja dla Alex stała się zbyt niebezpieczna i nadszedł czas, aby zniknęła. Alex zgadza się, ale zanim plan zostaje wprowadzony w życie, razem z Jaden zostaje przydzielona do misji w odległym zakątku świata, gdzie musi powstrzymać syna prezydenta przed wprowadzeniem na rynek nowych toksyn, oddziaływujących na układ nerwowy.
Percy, sfrustrowany tym, że Nikita nadal przechwytuje jego czarne skrzynki, wysyła Michaela, aby sprawdził jedną z nich oraz osobę, która ma jej pilnować. Jednak Nikita dociera na miejsce pierwsza i ku wielkiemu zaskoczeniu odkrywa, że strażnikiem jest zwyczajna kobieta, która próbuje wieść normalne, rodzinne życie.
Michael dowiaduje się, że Percy zlecił Dywizji zabicie każdego, kto jest w stanie rozszyfrować zawartość czarnych skrzynek. W związku z tym wysyła Nikitę, aby ocaliła ostatnią osobę na liście, kryptologa CIA o imieniu Malcolm.
W wybuchowym finale sezonu Percy podejmuje kroki w celu przejęcia CIA, a Michael zostaje uwięziony wewnątrz Dywizji, przez co nie może pomóc Nikicie, która może zapłacić własnym życiem za wsparcie dla Alex.