Honey Kisaragi została przywrócona do życia dzięki eksperymentalnej technologi ojca, zyskując nadludzkie moce superbohaterki zwanej „Cutie Honey". Pewnego dnia miasto zostaje zaatakowane przez członków gangu superzłoczyńców i tylko Cutie Honey może stawić im czoło. W trakcie jednego z ataków jej sekretną tożsamość odkrywa policjantka Natsuko Aki i reporter Seiji Hayami.