Pacjent Mirandy, chłopiec o imieniu Jackson, ma zostać poddany kolejnej operacji wycięcia części jelita. Podczas rozmowy z chłopcem dr Kenley umiera na atak serca. Nowy lekarz, chirurg Arizona Robbins, przeprowadza operację, podczas której okazuje się, że niezbędny jest przeszczep wątroby.

Do Seattle przyjeżdża matka Dereka, Carolyn. Meredith jest zdenerwowana jej wizytą. Arizona i Alex pobierają narządy dla chłopca. Jacksonowi, pacjentowi Mirandy, zostają przeszczepione wątroba i jelita. Podczas transplantacji nowe organy zaczynają obumierać.

Stan pacjenta doktor Mirandy pogarsza się. Wszyscy starają się znaleźć dla niego nowego dawcę. Meredith rozważa wolę więźnia, który chce umrzeć przed egzekucją. Mark zostaje ranny i trafia na salę operacyjną. Miranda prosi Dereka, aby nie operował Williama Dunna, bo i tak umrze za pięć dni.

Miranda awansuje na asystenta chirurgii ogólnej. Cristina i Bailey pracują razem z dr Dixon przy Stacy Pollock. W czasie operacji okazuje się, że 9-latce trzeba przeszczepić serce. Lexie stawia Sloanowi ultimatum. Do szpitala zostaje przywieziony Rob. Podczas operacji występują komplikacje. Lexie nie mówi o nich jego żonie.

Addison przywozi brata do Seattle Grace. Archer ma wągrzycę mózgu, jest nieprzytomny. Addison ma nadzieję, że Derek przeprowadzi operację, która uratuje mu życie. Cristina i Richard zajmują się pacjentem, który ma raka jelita grubego. Derek nie może operować Archera, ponieważ z jednej cysty powstało osiem.

Addison zostaje dłużej w Seattle, aby pomóc Derekowi przy ciężarnej pacjentce. Ryan prosi chirurgów, aby w razie dokonywania wyboru, ratowali żonę, nie dziecko. Mark wybiera zły moment, aby powiedzieć Derekowi, że sypia z Lexie. Pacjent Callie, John, ma powikłania po usunięciu pęcherzyka żółciowego.

Derek jest załamany po stracie pacjentki i nie chce wracać do pracy. Webber mówi Meredith, że Shepherd planował jej się oświadczyć. Meredith odwiedza Dereka w przyczepie, ale on jest pijany i nie chce z nią rozmawiać. Cristina dowiaduje się niepokojących wieści od jednego z kolegów.

Koledzy bezskutecznie próbują namówić Dereka do powrotu do szpitala. Meredith zbiera siły i stara się go przekonać, by zmienił zdanie. Mark dokonuje rzadkiej operacji rekonstrukcji twarzy. Cristina dostaje w końcu prawo do wykonania operacji samodzielnie. Izzy robi wszystko, by ukryć swoją chorobę.

Oczy wszystkich skierowane są na Dereka, który przeprowadza pierwszą operację od momentu załamania. Stan zdrowia Izzy wymaga przeprowadzenia skomplikowanej operacji. Owen ma kolejny koszmar na tle wojny, podczas którego próbuje udusić Cristinę. Derek oświadcza się Meredith w windzie.

Izzie przechodzi agresywną terapię, ale nie powstrzymuje jej to od planowania ślubu Dereka i Meredith. Callie przedstawia swojemu ojcu Arizonę jako swoją dziewczynę. Ten nie jest z tego faktu zadowolony. Miranda opiekuje się dziewczynką, której nie można uratować, i pociesza zrozpaczonego ojca. Wkrótce dziecko umiera.

Izzie ma mieć kolejną operację pod warunkiem, że zmniejszą się przerzuty. W szpitalu odwiedza ją matka. Thatcher, który nie pije, spotyka się z córkami – Meredith i Lexie. Chce się z nimi pogodzić. Szef i Meredith popadają w konflikt związany z kontrowersyjnym przypadkiem medycznym.

Podczas badania okazuje się, że Izzy ma kolejnego guza. W związku z tym Derek i Meredith postanawiają oddać swój ślub Alexowi i Izzie. Zbyt słaba, by ustać na własnych nogach Izzie, prowadzona jest do ołtarza przez George'a. Po ceremonii wraca do szpitala. Owen opowiada Cristinie o swojej terapii.

Izzie spędza czas z pacjentem chorym na raka i zastanawia się, czy poddać się ryzykownej operacji, której rezultatem może być utrata mowy i pamięci. Mark chce zamieszkać z Lexie. Dr Torres obcina zdrową nogę porucznikowi Lowellowi.

Po przebytej operacji Izzie wszyscy czekają na jej wybudzenie. Do szpitala zostaje przywieziona ofiara wypadku. Mężczyzna ma zmasakrowaną twarz i nie może mówić. Okazuje się, że to George, który został potrącony przez autobus, ratując w ten sposób życie kobiety. Izzie wraca pamięć i mówi Alexowi, że go kocha, zanim traci przytomność.

George umiera na sali operacyjnej. Jego matka prosi Callie, żeby zdecydowała o pobraniu narządów. Do szpitala trafił nastolatek, który zemdlał na meczu futbolowym i skarży się na ból w plecach. Pogotowie przywozi dziewczynę, która straciła obie ręce i nogę w wypadku. Członkowie zarządu nie są zadowoleni z pracy Webbera, chcą, by odszedł na emeryturę. Cristina próbuje zbliżyć się do Hunta, lecz ten usprawiedliwia się terapią. Izzie zostaje wypisana ze szpitala. Callie odchodzi z pracy, ponieważ szef odmówił jej awansu na lekarza prowadzącego.

Lexie i Owen zajmują się dziewczyną, która ma ropień, ale nie pozwala się zoperować. Arizona i Alex mają pacjenta, u którego błędnie zdiagnozowano bóle wzrostowe. Chcą wykonać ponownie kilka badań, jednak szef się nie zgadza. Lexie wprowadza się do Marka. Szef miał wypadek samochodowy i został przywieziony do Mercy West, gdzie leczy go Callie. Cristina i Owen chodzą na terapię do dr Wyatt. Do Mercy West trafia też pacjent Arizony i Aleksa. Po rozmowie z Lexie Clara ćwiczy chodzenie z protezą.

Kilka tygodni po przejściu śmierci klinicznej powracająca do zdrowia Izzie pojawia się w pracy. W związku z ogłoszeniem redukcji personelu rezydenci Seattle Grace walczą o to, by przetrwać zwolnienia, w tym Cristina, która próbuje pracować u boku Arizony na pediatrii. Trudny przypadek pacjentki Mirandy i Alexa, komplikuje się jeszcze bardziej z powodu jej syna schizofrenika.

Thatcher wraca do szpitala na przeszczep wątroby. Meredith jest jedyną potencjalną dawczynią, co stawia ją przed trudną decyzją. W międzyczasie Izzie znajduje wspólny język z pacjentem chorym na nowotwór, a Mark, zirytowany przez Cristinę, każe jej asystować przy nietypowym chirurgicznym zabiegu.

Kiedy nadchodzi pierwszy dzień fuzji szpitali, rezydenci Seattle Grace i Mercy West rywalizują między sobą o zabiegi chirurgiczne i swoje kariery. Arizona staje po stronie Callie, gdy jej ojciec, pan Torres, zatrudnia księdza, by przekonał ją do spotykania się z mężczyznami. Izzie doświadcza siły nowej chirurgicznej konkurencji.

Po tym jak, w chaosie na oddziale pomocy doraźnej, niespodziewanie umiera pacjent z poparzeniami, szef i członek zarządu Jennings przesłuchują rezydentów, by znaleźć winowajcę. Wszyscy rezydenci zarówno Seattle Grace, jak i Mercy West bronią swoich poczynań, nie chcąc stracić pracy.

Kiedy okazuje się, że Isaac – technik laboratoryjny ze szpitala – ma niedającego się zoperować guza, owiniętego wokół swojego kręgosłupa, zwraca się do dr. Dereka Shepherda z prośbą, by dokonał niemożliwego. Derek poddaje próbie autorytet szefa, gdy Richard sprzeciwia się przeprowadzeniu ryzykownej operacji.

Rodzice 10-letniego pacjenta Arizony oferują szpitalowi Seattle Grace hojny datek w postaci 25 milionów dolarów. Jednakże gdy stan chłopca ulega pogorszeniu, Arizona znajduje się w obliczu konfliktu interesów. Cristina poddaje próbie swoje granice z Owenem. Alex boryka się z rachunkami szpitalnymi za leczenie Izzie.

Kiedy Owen rekrutuje swoją koleżankę – weterankę wojny w Iraku, dr Teddy Altman – w roli nowego kardiochirurga, Cristina kwestionuje jej zdolności na sali operacyjnej i charakter jej dawnej znajomości z Owenem. Izzie wraca do Seattle Grace ze swoim mentorem ze szkoły średniej, który wymaga leczenia z powodu demencji. Stres wynikający z nawału obowiązków Richarda i sytuacja po fuzji zaczynają dawać o sobie znać.

W miarę jak mijają Święto Dziękczynienia, Boże Narodzenie i Nowy Rok, Mirandę odwiedza jej ojciec, który nie popiera jej życiowych wyborów. Mark i Lexie muszą poradzić sobie z szokującym pojawieniem się kobiety z jego przeszłości. Thatcher Grey kwestionuje niedawne zachowanie szefa, podczas gdy Meredith go broni.