Serial opowiada o grupie osób, które odkrywają, że posiadają niezwykłe zdolności (latanie, teleportacja, szybkie leczenie ran, przewidywanie przyszłości itp.). Wkrótce będą musieli zdecydować, do jakich celów użyć swoich nowych talentów.
Kolejna seria rozpoczyna się cztery miesiące po wydarzeniach, które miały miejsce w Kirby Plaza. Dokładnie sto dwadzieścia dni po ostatecznej rozgrywce pomiędzy Sylarem i Peterem pojawiają się nowi herosi, którymi są Alejandro i Maya. Rodzeństwo, w którym brat stanowi antidotum na moc siostry. Claire oraz reszta jej rodziny mają szanse na nowe życie. Tymczasem jeden z herosów umiera…
Peter trafia na irlandzkich gangsterów, którzy niestety wiedzą o jego przeszłości. Hiro stara się zniwelować szkody i opanować chaos wywołany przez podróże w przeszłość. Moc Kensei zostaje ujawniona. Podczas gdy Matt dokładnie bada okoliczności zabójstwa Nakamury. West dowiaduje się o umiejętnościach, którymi dysponuje Claire. Maya i Alejandro opuszczają Meksyk.
Suresh dociera do nieznanego dotychczas obrazu Isaaca Mendeza. Kolejne malowidło, dysponującego mocą przewidywania przyszłości bohatera, ukazuje proroczą śmierć. Aby opuścić Meksyk, Maya musi uwolnić Alejandra z więzienia. Hiro odkrywa następne fakty dotyczące Kensei. Niki wraz z Micahem wyjeżdżają z Las Vegas, aby znaleźć się jak najdalej od swojej przeszłości. Claire wraz z Westem także wybierają się w podróż…
Rodzeństwo Herrera, poszukiwane za morderstwa, ucieka do USA. Współpracownica Micah, Nany i Damona – Monica Dawson, zaczyna ujawniać swoje nadprzyrodzone zdolności. Herosi mieszkają obecnie w Nowym Orleanie. Matt zwraca się do Molly z prośbą o pomoc w odnalezieniu człowieka z jej snów. Bohater wierzy, że śniący się jej mężczyzna może stanowić nowe zagrożenie dla herosów. Angela ujawnia wiele jej tajemnic.
Pojawia się nieznajoma kobieta – Elle, która stara się znaleźć Petera. Ando udaje się w przeszłość, aby odnaleźć tam Hiro. Matt kontynuuje poszukiwanie mężczyzny ze snów. Tymczasem Noah postanawia zaryzykować wszystko, aby zapewnić ochronę swojej rodzinie.
Tym razem to Peter udaje się na poszukiwania w czasie. West odbywa rozmowę z Claire, stara się przekonać dziewczynę, aby ta walczyła o siebie, swoje racje i poglądy. Noah Bennet stara się odnaleźć kolejne obrazy stworzone przez Isaaca. Wierzy, że odnajdzie tam wskazówki dotyczące przyszłości. Hiro zmaga się ze swoimi uczuciami do Yaeko. Alejandro nie potrafi zaufać Sylarowi…
Peter w przeszłości usiłuje odnaleźć przyczynę ewakuacji Nowego Jorku. Bohater wraz z Caitlin dowiaduje się więcej na temat ostatecznego działania wirusa Shanti. Wielu herosów łączy siły i rozpoczyna wspólną pracę nad poszukiwaniami i zniszczeniem człowieka ze snów (nazywanego Nightmare Man). West jest w głębokim szoku, kiedy odkrywa tożsamość ojca Claire. Podróż Hiro i Kenseia dobiega końca.
Zostają wyjaśnione wydarzenia brakujących czterech miesięcy z życia herosów. Nagle wyjaśnia się dlaczego Maya i Alejandro muszą uciekać, jak Peter znalazł się w Irlandii i co działo się w tym czasie z Nathanem, a także Niki i D.L.em. Sto dwadzieścia dni wcześniej, Niki próbuje ratować rodzinę, a Maya i Alejandro odkrywają swoje zdolności. Przedstawiona zostaje także historia życia Elle.
W obawie przed śledząca go The Company, Bennet postanawia po raz kolejny zmienić miejsce zamieszkania. Niestety pomysł ten spotyka się z dezaprobatą Claire. Hiro po powrocie z przeszłości w teraźniejszości, dowiaduje się o śmierci swojego ojca. Postanawia cofnąć się w czasie i zapobiec tragedii. Tymczasem Matt pracuje nad szkoleniem swoich nowych umiejętności umysłowych.
Peterowi udaje się odnaleźć kobietę ze zdjęcia. Postanawia wyruszyć do Primatech w Teksasie, by ostatecznie zniszczyć wirusa. Jednak nie wszystko jest tak, jak wydaje się bohaterowi, czeka na niego kilka niespodzianek. Hiro stara się odnaleźć mordercę ojca. Maya staje przed dylematem - musi zdecydować czy pozostać z Alejandro, czy wyruszyć dalej z Sylarem.
W Teksasie okazuje się, że Peter musi zmierzyć się ze swoimi dawnymi znajomymi. Wówczas wychodzi także na jaw, że Adam celowo wprowadzał wszystkich w błąd w związku z wirusem Shanti. Maya doznaje szoku po tym jak dowiaduje się całej prawdy o Sylarze. Elle stara się by ojciec był z niej dumny. Tymczasem Micah korzysta z pomocy matki i decyduje się uratować Monicę.