Władca mórz Davy Jones ściga Jacka Sparrowa w asyście potwora morskiego, Krakena na swym Latającym Holendrze, domagając się wyrównania rachunków. Jeśli go dopadnie, zostanie on na wieki potępiony i wcielony do załogi przeklętego żaglowca. Ocalić go może odnalezienie tajemniczej skrzyni, na której poszukiwanie niezwłocznie wyrusza. Sekret skrzyni posiadł również lord Cutler Beckett, wysłany do Port Royal, aby ująć Sparrowa, byłego komandora Jamesa Norringtona oraz Elizabeth Swann i Willa Turnera. Beckett zawiera z Turnerem kontrakt, na mocy którego odzyskają wolność w chwili, gdy Will dostarczy lordowi magiczną busolę Jacka, wskazującą położenie skrzyni. Turner musi jednak najpierw dotrzeć do kluczy otwierających skrzynię, będących w posiadaniu Davy’ego Jonesa. Sparrow uciekając przed Krakenem ląduje na wyspie, gdzie wraz z załogą dostają się w ręce ludożerców. Z opresji wybawia ich Will, który trafia na wyspę w poszukiwaniu Jacka. Wyruszają na morze, gdzie wkrótce dopada ich Jones. Aby zdobyć klucz do skrzyni, Will udaje się na pokład Latającego Holendra. W tym czasie Elizabeth ucieka i szmugluje się w męskim przebraniu do Tortugi, skąd zaciągają się wraz z Norringtonem na Czarną Perłę. Okręty Davy’ego Jonesa i Jacka Sparrowa starają się dotrzeć do miejsca, gdzie ukryta jest skrzynia, w której zdeponowane jest serce władcy mórz. Jego posiadacz zyska władzę nad Davy’m Jonesem, na co nadzieję ma Jack Sparrow, aby w ten sposób uniknąć przeznaczenia i wyrwać się prześladowcy. Skrzynia zostaje otwarta, ale jej zawartość znika w tajemniczy sposób w dramatycznej dla Sparrowa chwili, gdy oplatają go macki Krakena. Serce Jonesa dostaje się w ręce Norringtona, który dostarcza je Becketowi, aby w zamian odzyskać swoją dawną pozycję i honor oficera.